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[lectures/latex.git] / posic / thesis / code.tex
1 \chapter{Description of programs and tools}
2 \label{app:code}
3
4 Some selected programs and tools utilized within this study are introduced in the following.
5 The source code is available for download\footnote{http://www.physik.uni-augsburg.de/\~{}zirkelfr/posic}.
6 The \textsc{vasp} utilities reside in the {\em vasp\_tools} subdirectory included within the \textsc{posic} source.
7
8 \section[Contents of the {\normalfont\textsc{posic}} program suite]{Contents of the POSIC program suite}
9
10 \subsection{The molecular dynamics application}
11
12 \textbf{mdrun.\{c,h\}}
13 constitutes the actual, executable molecular dynamics application program.\\
14 \textbf{config.default}
15 is a sample configuration file that is parsed by the {\em mdrun} application.\\
16 \textbf{moldyn.\{c,h\}}
17 includes all the molecular dynamics routines.\\
18 \textbf{potentials/albe.\{c,h\}}
19 implements the energy and force evaluation of the potential.\\
20 \textbf{list/list.\{c,h\}}
21 contains code for the management of linked lists.\\
22 \textbf{random/random.\{c,h\}}
23 deals with random numbers and distributions.\\
24 \textbf{math/math.h}
25 provides inlined mathematical functions.\\
26 \textbf{runmd, runmd\_rx200}
27 starts the {\em mdrun} application and postprocessing.
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29 \subsection{Postprocessing tools}
30
31 \textbf{calc\_delta\_e}
32 determines defect formation energies using SiC as a particle reservoir.\\
33 \textbf{pair\_correlation\_calc.c}
34 computes the radial distribution function.\\
35 \textbf{display\_atom\_data.c}
36 displays atom specific information.\\
37 \textbf{bond\_analyze.c}
38 counts the amount of C atoms that have four Si neighbors.\\
39 \textbf{bond\_analyze\_script}
40 performs bond analysis on a large quantity of data.\\
41 \textbf{search\_bonds.c}
42 prints out pairs of atoms featuring specific bond properties.\\
43 \textbf{visual\_atoms.c}
44 creates a detailed atomic data file.\\
45 \textbf{visualize}
46 creates images of atomic configurations.\\
47 \textbf{parcasconv}
48 converts \textsc{parcas} output to \textsc{posic} format.\\
49 \textbf{povconv}
50 converts \textsc{posic} output to \textsc{parcas/rasmol} format.\\
51 \textbf{s2xyz.c}
52 extracts (modified) {\em xyz} data from \textsc{posic} save files.\\
53 \textbf{ppm2avi}
54 creates a movie out of atomic configuration images.
55
56 \section[{\normalfont\textsc{vasp}} utilities]{VASP utilities}
57
58 \subsection[Operating {\normalfont\textsc{vasp}}]{Operating VASP}
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60 \textbf{create\_lattice.c}
61 creates the lattice in \textsc{vasp} POSCAR format.\\
62 \textbf{runvasp\_rx200}
63 executes \textsc{vasp} on the Augsburg Linux Compute Cluster.\\
64 \textbf{sd\_rot\_all-atoms.patch}
65 enables selected dynamics in a user-defined basis for every atom.\\
66 \textbf{mig\_fullct.sh}
67 calculates a series of configurations within a migration path.
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69 \subsection{Postprocessing utilities}
70
71 \textbf{mig\_calc}
72 prints out the configurational energies within a migration path.\\
73 \textbf{e\_coh}
74 calculates the cohesive energy.\\
75 \textbf{e\_form\_tersoff}
76 calculates defect formation energies using SiC as a particle reservoir.\\
77 \textbf{e\_fc}
78 calculates the binding energy of a defect pair.\\
79 \textbf{get\_ks\_levels}
80 creates the Kohn-Sham level diagram.\\
81 \textbf{visualize}
82 creates images of atomic configurations.
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