TODO.txt

   1 interstitial simulations
   2 ************************
   3
   4   DOUBLECHECK with PARCAS !!!!
   5
   6   - visualize md.movie (converter tool - maybe good!)
   7   - more checking ...
   8
   9 implement
  10 *********
  11
  12  - improve ins_m_atoms (merge to general ins_atoms function maybe)
  13  - clean up mdrun
  14  - config sanity checks
  15  - introduce/improve fill command (multiple fills)
  16
  17  - check virial calc, where does the - come from?
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  19  - angular distribution
  20  - structurfactoranalyze (see nordlund paper)
  21
  22  - filled atoms need atom attrib?!?!? or aattr pre prerun
  23
  24  - bond_analyze to dump xyz file of atoms
  25
  26  - improve diff calc
  27
  28  - make it parallel! (mpi/openmp) <- email to ralfu (asap)
  29    * openmp: doch auf verlet listen (pointer problem!)
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  31  - optimize code!
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  33    * 6.56
  34    * -> 6.16 (albe_potential_force_calc) unoptimized
  35    * -> 7.05 first variable optimization
  36    * -> 5.53 2nd variable mod (moving out of blocks)
  37    * -> 5.12 source c files (orig albe) /wo float-store (otherwise 9.x)
  38    * -> 5.00 source c, fpu_set() (orig albe)
  39    * -> 5.04 source c, fpu_set() (albe fast) (same w -finline-functions)
  40    * -> 4.55 source c, fpu(), albe orig, fast-math ;)
  41    * -> 4.12 source c, fpu(), albe fast
  42    * -> 4.06 source c, fpu(), albe fast, arch opts
  43    * -> 3.54 ^ + c,d,h,gamma opts
  44    * -> 3.50 ^ + static lists
  45    * -> 3.37 source c, albe f, arch opts, c,d,h,gamma
  46              + lowmem lists (test for bigger + atoms!)
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  48    todo:
  49     - listen ! estimate time
  50     - more in fast (also think about -> 'type')
  51     - algo! (though i don't believe!)
  52     - inline
  53     - openmp (num_thread copies of neighbour_i)
  54       + pthreads (simultaneously!)
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  56 simulation runs
  57 ***************
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  59 - cryst simulations: reasonable pctrl?
  60 - even higher temperatures
  61 - tctrl only in outer regions
  62 - only 1 atom per timestep
  63 - EXTENDED C-C cutoff
  64 - different sized SiC prec in Si (4:5! diff temperatures)
  65 - melting exps (both, anneal + interface method)
  66 - interstitials:
  67   - more interstitial combinations
  68   - characterize interstitials by PCF, then inc temperature
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  70 learn
  71 *****
  72
  73 - ab initio / dft itself (find good docs)
  74 - checkout abinit in the same time
  75 - checkout thight binding
  76 - of course md theory!
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  78 write
  79 *****
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  81 - results >> thesis!
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