povconv

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #
   4 # convert moldyn output to parcas/rasmol output
   5 # frank.zirkelbach@physik.uni-augsburg.de
   6 #
   7
   8 if [ ! -d $1 ]; then
   9         echo "no valid directory"
  10         exit 1
  11 fi
  12
  13 TRG=$1/md.movie
  14
  15 rm -f $TRG
  16
  17 ((frame=1))
  18
  19 for file in $1/atomic_conf_*.xyz; do
  20
  21         count=`grep '# \[P\]' $file | awk '{ print $3 }'`
  22         time=`grep '# \[P\]' $file | awk '{ print $4 }'`
  23         x0=`grep '# \[D\]' $file | head -n 1 | awk '{ print $3 '}`
  24         y0=`grep '# \[D\]' $file | head -n 1 | awk '{ print $4 '}`
  25         z0=`grep '# \[D\]' $file | head -n 1 | awk '{ print $5 '}`
  26         x1=`grep '# \[D\]' $file | tail -n 1 | awk '{ print $3 '}`
  27         y1=`grep '# \[D\]' $file | tail -n 1 | awk '{ print $4 '}`
  28         z1=`grep '# \[D\]' $file | tail -n 1 | awk '{ print $5 '}`
  29         dimx=`echo $x0 $x1 | awk '{ print $2-$1 }'`
  30         dimy=`echo $y0 $y1 | awk '{ print $2-$1 }'`
  31         dimz=`echo $z0 $z1 | awk '{ print $2-$1 }'`
  32
  33         echo "   $count" >> $TRG
  34         echo " Frame number $frame $time fs boxsize $dimx $dimy $dimz" >> $TRG
  35
  36         ((ac=1))
  37
  38         cat $file | grep -v '^#' | while read name x y z color temp; do
  39                 # well, i only use Si and C
  40                 [ "$name" = "Si" ] && type=1
  41                 [ "$name" = "C" ] && type=2
  42                 echo "$name $x $y $z $type ${ac}" >> $TRG
  43                 ((ac+=1))
  44         done
  45
  46         ((frame+=1))
  47 done
  48
  49