]> hackdaworld.org Git - physik/posic.git/blob - vasp_tools/trafoXposcar
count spins ...
[physik/posic.git] / vasp_tools / trafoXposcar
1 #!/bin/bash
2
3 echo "parsing POSCAR file ..."
4
5 theta=$1
6
7 trg=POSCAR.Xtrafo$theta
8
9 sicnt=`sed -n 6p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
10 ccnt=`sed -n 6p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
11
12 lc=`sed -n 2p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
13
14 x1=`sed -n 3p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
15 x2=`sed -n 3p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
16 x3=`sed -n 3p POSCAR | awk '{ print $3 }'`
17
18 y1=`sed -n 4p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
19 y2=`sed -n 4p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
20 y3=`sed -n 4p POSCAR | awk '{ print $3 }'`
21
22 z1=`sed -n 5p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
23 z2=`sed -n 5p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
24 z3=`sed -n 5p POSCAR | awk '{ print $3 }'`
25
26 ((total=sicnt+ccnt))
27
28 echo "  Si: $sicnt, C: $ccnt, total: $total"
29 echo "  Lattice constant: $lc A"
30 echo "  Basis:"
31 echo "      $x1      $y1      $z1"
32 echo "  x = $x2  y = $y2  z = $z2"
33 echo "      $x3      $y3      $z3"
34 echo
35 echo "  -----"
36 echo "  Trafo: x axis, $theta degree"
37 echo "  -----"
38 echo
39
40 # determine trafo of cartesian coordinates to this one
41 normx=`echo $x1 $x2 $x3 | awk '{ print sqrt($1*$1+$2*$2+$3*$3) }'`
42 normy=`echo $y1 $y2 $y3 | awk '{ print sqrt($1*$1+$2*$2+$3*$3) }'`
43 normz=`echo $z1 $z2 $z3 | awk '{ print sqrt($1*$1+$2*$2+$3*$3) }'`
44 echo $normx $normz $normy
45 t11=`echo $x1 $normx | awk '{ print $1/$2 }'`
46 t12=`echo $x2 $normx | awk '{ print $1/$2 }'`
47 t13=`echo $x3 $normx | awk '{ print $1/$2 }'`
48 t21=`echo $y1 $normy | awk '{ print $1/$2 }'`
49 t22=`echo $y2 $normy | awk '{ print $1/$2 }'`
50 t23=`echo $y3 $normy | awk '{ print $1/$2 }'`
51 t31=`echo $z1 $normz | awk '{ print $1/$2 }'`
52 t32=`echo $z2 $normz | awk '{ print $1/$2 }'`
53 t33=`echo $z3 $normz | awk '{ print $1/$2 }'`
54 echo "  Matrix from cartesian to used coordinates:"
55 echo "  | $t11 $t21 $t31 |"
56 echo "  | $t12 $t22 $t32 |"
57 echo "  | $t13 $t23 $t33 |"
58 echo
59 i11=$t11
60 i12=$t21
61 i13=$t31
62 i21=$t12
63 i22=$t22
64 i23=$t32
65 i31=$t13
66 i32=$t23
67 i33=$t33
68 echo "  Inverse matrix (i=t^T):"
69 echo "  | $i11 $i21 $i31 |"
70 echo "  | $i12 $i22 $i32 |"
71 echo "  | $i13 $i23 $i33 |"
72 echo
73 # i * basis
74 X1=`echo $i11 $i21 $i31 $x1 $x2 $x3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
75 X2=`echo $i12 $i22 $i32 $x1 $x2 $x3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
76 X3=`echo $i13 $i23 $i33 $x1 $x2 $x3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
77
78 Y1=`echo $i11 $i21 $i31 $y1 $y2 $y3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
79 Y2=`echo $i12 $i22 $i32 $y1 $y2 $y3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
80 Y3=`echo $i13 $i23 $i33 $y1 $y2 $y3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
81
82 Z1=`echo $i11 $i21 $i31 $z1 $z2 $z3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
83 Z2=`echo $i12 $i22 $i32 $z1 $z2 $z3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
84 Z3=`echo $i13 $i23 $i33 $z1 $z2 $z3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
85 echo "  Basis (in rotation system):"
86 echo "      $X1      $Y1      $Z1"
87 echo "  x = $X2  y = $Y2  z = $Z2"
88 echo "      $X3      $Y3      $Z3"
89 echo
90
91 costheta=`echo $theta | awk '{ print cos($1*3.1415927/180.0) }'`
92 sintheta=`echo $theta | awk '{ print sin($1*3.1415927/180.0) }'`
93
94 x1=$X1
95 x2=$X2
96 x3=$X3
97 X1=$x1
98 X2=`echo $x2 $x3 $costheta $sintheta | awk '{ print $3*$1-$4*$2 }'`
99 X3=`echo $x2 $x3 $costheta $sintheta | awk '{ print $4*$1+$3*$2 }'`
100
101 y1=$Y1
102 y2=$Y2
103 y3=$Y3
104 Y1=$y1
105 Y2=`echo $y2 $y3 $costheta $sintheta | awk '{ print $3*$1-$4*$2 }'`
106 Y3=`echo $y2 $y3 $costheta $sintheta | awk '{ print $4*$1+$3*$2 }'`
107
108 z1=$Z1
109 z2=$Z2
110 z3=$Z3
111 Z1=$z1
112 Z2=`echo $z2 $z3 $costheta $sintheta | awk '{ print $3*$1-$4*$2 }'`
113 Z3=`echo $z2 $z3 $costheta $sintheta | awk '{ print $4*$1+$3*$2 }'`
114
115 echo "  Transformed basis (in rotation system):"
116 echo "       $X1       $Y1       $Z1"
117 echo "  x' = $X2  y' = $Y2  z' = $Z2"
118 echo "       $X3       $Y3       $Z3"
119 echo
120
121 # t * basis
122 x1=`echo $t11 $t21 $t31 $X1 $X2 $X3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
123 x2=`echo $t12 $t22 $t32 $X1 $X2 $X3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
124 x3=`echo $t13 $t23 $t33 $X1 $X2 $X3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
125 X1=$x1
126 X2=$x2
127 X3=$x3
128
129 y1=`echo $t11 $t21 $t31 $Y1 $Y2 $Y3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
130 y2=`echo $t12 $t22 $t32 $Y1 $Y2 $Y3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
131 y3=`echo $t13 $t23 $t33 $Y1 $Y2 $Y3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
132 Y1=$y1
133 Y2=$y2
134 Y3=$y3
135
136 z1=`echo $t11 $t21 $t31 $Z1 $Z2 $Z3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
137 z2=`echo $t12 $t22 $t32 $Z1 $Z2 $Z3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
138 z3=`echo $t13 $t23 $t33 $Z1 $Z2 $Z3 | awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
139 Z1=$z1
140 Z2=$z2
141 Z3=$z3
142
143
144 echo "  Transformed basis (cartesian coordinates):"
145 echo "       $X1       $Y1       $Z1"
146 echo "  x' = $X2  y' = $Y2  z' = $Z2"
147 echo "       $X3       $Y3       $Z3"
148 echo
149
150 cnt=0
151 tcnt=0
152
153 cx=1.0
154 cy=1.0
155 cz=0.8
156
157 # header
158 sed -n 1p POSCAR > $trg
159 echo " $lc" >> $trg
160 echo " $X1 $X2 $X3" >> $trg
161 echo " $Y1 $Y2 $Y3" >> $trg
162 echo " $Z1 $Z2 $Z3" >> $trg
163 echo " $sicnt $ccnt" >> $trg
164 echo "selective dynamics" >> $trg
165 echo "direct" >> $trg
166
167 tail -${total} POSCAR | \
168         while read x y z fx fy fz; do
169                 Y=`echo $y $z $costheta $sintheta | \
170                         awk '{ print $3*$1+$4*$2 }'`
171                 Z=`echo $y $z $costheta $sintheta | \
172                         awk '{ print $3*$2-$4*$1 }'`
173                 echo " $x $Y $Z $fx $fy $fz" >> $trg
174         done
175
176 echo "done"
177