+ return 0;
+}
+
+/*
+ * visualization code
+ */
+
+int visual_init(t_moldyn *moldyn,char *filebase) {
+
+ strncpy(moldyn->vis.fb,filebase,128);
+
+ return 0;
+}
+
+int visual_atoms(t_moldyn *moldyn) {
+
+ int i,j,fd;
+ char file[128+64];
+ t_3dvec dim;
+ double help;
+ t_visual *v;
+ t_atom *atom;
+ t_atom *btom;
+ t_linkcell *lc;
+#ifdef STATIC_LISTS
+ int *neighbour[27];
+ int p;
+#else
+ t_list neighbour[27];
+#endif
+ u8 bc;
+ t_3dvec dist;
+ double d2;
+ u8 brand;
+
+ v=&(moldyn->vis);
+ dim.x=v->dim.x;
+ dim.y=v->dim.y;
+ dim.z=v->dim.z;
+ atom=moldyn->atom;
+ lc=&(moldyn->lc);
+
+ help=(dim.x+dim.y);
+
+ sprintf(file,"%s/atomic_conf_%07.f.xyz",v->fb,moldyn->time);
+ fd=open(file,O_WRONLY|O_CREAT|O_TRUNC,S_IRUSR|S_IWUSR);
+ if(fd<0) {
+ perror("open visual save file fd");
+ return -1;
+ }
+
+ /* write the actual data file */
+
+ // povray header
+ dprintf(fd,"# [P] %d %07.f <%f,%f,%f>\n",
+ moldyn->count,moldyn->time,help/40.0,help/40.0,-0.8*help);
+
+ // atomic configuration
+ for(i=0;i<moldyn->count;i++) {
+ // atom type, positions, color and kinetic energy
+ dprintf(fd,"%s %f %f %f %s %f\n",pse_name[atom[i].element],
+ atom[i].r.x,
+ atom[i].r.y,
+ atom[i].r.z,
+ pse_col[atom[i].element],
+ atom[i].ekin);
+
+ /*
+ * bond detection should usually be done by potential
+ * functions. brrrrr! EVIL!
+ *
+ * todo: potentials need to export a 'find_bonds' function!
+ */
+
+ // bonds between atoms
+ if(!(atom[i].attr&ATOM_ATTR_VB))
+ continue;
+ link_cell_neighbour_index(moldyn,
+ (atom[i].r.x+moldyn->dim.x/2)/lc->x,
+ (atom[i].r.y+moldyn->dim.y/2)/lc->y,
+ (atom[i].r.z+moldyn->dim.z/2)/lc->z,
+ neighbour);
+ for(j=0;j<27;j++) {
+ bc=j<lc->dnlc?0:1;
+#ifdef STATIC_LISTS
+ p=0;
+ while(neighbour[j][p]!=0) {
+ btom=&(atom[neighbour[j][p]]);
+ p++;
+#else
+ list_reset_f(&neighbour[j]);
+ if(neighbour[j].start==NULL)
+ continue;
+ do {
+ btom=neighbour[j].current->data;
+#endif
+ if(btom==&atom[i]) // skip identical atoms
+ continue;
+ //if(btom<&atom[i]) // skip half of them
+ // continue;
+ v3_sub(&dist,&(atom[i].r),&(btom->r));
+ if(bc) check_per_bound(moldyn,&dist);
+ d2=v3_absolute_square(&dist);
+ brand=atom[i].brand;
+ if(brand==btom->brand) {
+ if(d2>moldyn->bondlen[brand])
+ continue;
+ }
+ else {
+ if(d2>moldyn->bondlen[2])
+ continue;
+ }
+ dprintf(fd,"# [B] %f %f %f %f %f %f\n",
+ atom[i].r.x,atom[i].r.y,atom[i].r.z,
+ btom->r.x,btom->r.y,btom->r.z);
+#ifdef STATIC_LISTS
+ }
+#else
+ } while(list_next_f(&neighbour[j])!=L_NO_NEXT_ELEMENT);
+#endif
+ }
+ }
+
+ // boundaries
+ if(dim.x) {
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ -dim.x/2,-dim.y/2,-dim.z/2,
+ dim.x/2,-dim.y/2,-dim.z/2);
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ -dim.x/2,-dim.y/2,-dim.z/2,
+ -dim.x/2,dim.y/2,-dim.z/2);
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ dim.x/2,dim.y/2,-dim.z/2,
+ dim.x/2,-dim.y/2,-dim.z/2);
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ -dim.x/2,dim.y/2,-dim.z/2,
+ dim.x/2,dim.y/2,-dim.z/2);
+
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ -dim.x/2,-dim.y/2,dim.z/2,
+ dim.x/2,-dim.y/2,dim.z/2);
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ -dim.x/2,-dim.y/2,dim.z/2,
+ -dim.x/2,dim.y/2,dim.z/2);
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ dim.x/2,dim.y/2,dim.z/2,
+ dim.x/2,-dim.y/2,dim.z/2);
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ -dim.x/2,dim.y/2,dim.z/2,
+ dim.x/2,dim.y/2,dim.z/2);
+
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ -dim.x/2,-dim.y/2,dim.z/2,
+ -dim.x/2,-dim.y/2,-dim.z/2);
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ -dim.x/2,dim.y/2,dim.z/2,
+ -dim.x/2,dim.y/2,-dim.z/2);
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ dim.x/2,-dim.y/2,dim.z/2,
+ dim.x/2,-dim.y/2,-dim.z/2);
+ dprintf(fd,"# [D] %f %f %f %f %f %f\n",
+ dim.x/2,dim.y/2,dim.z/2,
+ dim.x/2,dim.y/2,-dim.z/2);
+ }
+
+ close(fd);
+