+int set_int_alg(t_moldyn *moldyn,u8 algo);
+int set_cutoff(t_moldyn *moldyn,double cutoff);
+int set_temperature(t_moldyn *moldyn,double t_ref);
+int set_pressure(t_moldyn *moldyn,double p_ref);
+int set_pt_scale(t_moldyn *moldyn,u8 ptype,double ptc,u8 ttype,double ttc);
+int set_dim(t_moldyn *moldyn,double x,double y,double z,u8 visualize);
+int set_nn_dist(t_moldyn *moldyn,double dist);
+int set_pbc(t_moldyn *moldyn,u8 x,u8 y,u8 z);
+int set_potential1b(t_moldyn *moldyn,pf_func1b func);
+int set_potential2b(t_moldyn *moldyn,pf_func2b func);
+int set_potential3b_j1(t_moldyn *moldyn,pf_func2b func);
+int set_potential3b_j2(t_moldyn *moldyn,pf_func2b func);
+int set_potential3b_j3(t_moldyn *moldyn,pf_func2b func);
+int set_potential3b_k1(t_moldyn *moldyn,pf_func3b func);
+int set_potential3b_k2(t_moldyn *moldyn,pf_func3b func);
+int set_potential_params(t_moldyn *moldyn,void *params);
+
+int set_avg_skip(t_moldyn *moldyn,int skip);
+
+int moldyn_set_log_dir(t_moldyn *moldyn,char *dir);
+int moldyn_set_report(t_moldyn *moldyn,char *author,char *title);
+int moldyn_set_log(t_moldyn *moldyn,u8 type,int timer);
+int moldyn_log_shutdown(t_moldyn *moldyn);
+
+int create_lattice(t_moldyn *moldyn,u8 type,double lc,int element,double mass,
+ u8 attr,u8 brand,int a,int b,int c,t_3dvec *origin);
+int add_atom(t_moldyn *moldyn,int element,double mass,u8 brand,u8 attr,
+ t_3dvec *r,t_3dvec *v);
+int cubic_init(int a,int b,int c,double lc,t_atom *atom,t_3dvec *origin);
+int fcc_init(int a,int b,int c,double lc,t_atom *atom,t_3dvec *origin);
+int diamond_init(int a,int b,int c,double lc,t_atom *atom,t_3dvec *origin);
+int destroy_atoms(t_moldyn *moldyn);
+
+int thermal_init(t_moldyn *moldyn,u8 equi_init);
+double total_mass_calc(t_moldyn *moldyn);
+double temperature_calc(t_moldyn *moldyn);
+double get_temperature(t_moldyn *moldyn);
+int scale_velocity(t_moldyn *moldyn,u8 equi_init);
+double virial_sum(t_moldyn *moldyn);
+double pressure_calc(t_moldyn *moldyn);
+int energy_fluctuation_calc(t_moldyn *moldyn);
+int get_heat_capacity(t_moldyn *moldyn);
+double thermodynamic_pressure_calc(t_moldyn *moldyn);
+double get_pressure(t_moldyn *moldyn);
+int scale_volume(t_moldyn *moldyn);
+int scale_dim(t_moldyn *moldyn,u8 dir,double scale,u8 x,u8 y,u8 z);
+int scale_atoms(t_moldyn *moldyn,u8 dir,double scale,u8 x,u8 y,u8 z);
+
+double e_kin_calc(t_moldyn *moldyn);