-int harmonic_oscillator(t_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_Atom *aj,u8 bc);
-int lennard_jones(t_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
-int tersoff_mult_1bp(t_moldyn *moldyn,t_atom *ai);
-int tersoff_mult_2bp(t_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
-int tersoff_mult_3bp(t_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,t_atom *ak,u8 bc);
+//inline int check_per_bound(t_moldyn *moldyn,t_3dvec *a)
+// __attribute__((always_inline));
+
+int moldyn_bc_check(t_moldyn *moldyn);
+
+int moldyn_read_save_file(t_moldyn *moldyn,char *file);
+int moldyn_free_save_file(t_moldyn *moldyn);
+int moldyn_load(t_moldyn *moldyn);
+int process_2b_bonds(t_moldyn *moldyn,void *data,
+ int (*process)(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,t_atom *jtom,
+ void *data,u8 bc));
+int process_neighbours(t_moldyn *moldyn,void *data,t_atom *atom,
+ int (*process)(t_moldyn *moldyn,t_atom *atom,t_atom *natom,
+ void *data,u8 bc));
+
+int get_line(int fd,char *line,int max);
+
+int pair_correlation_init(t_moldyn *moldyn,double dr);
+int calculate_diffusion_coefficient(t_moldyn *moldyn,double *dc);
+int calculate_pair_correlation_process(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,
+ t_atom *jtom,void *data,u8 bc);
+int calculate_pair_correlation(t_moldyn *moldyn,double dr,void *ptr);
+int bond_analyze_process(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,t_atom *jtom,
+ void *data,u8 bc);
+int bond_analyze(t_moldyn *moldyn,double *quality);
+
+int visual_init(t_moldyn *moldyn,char *filebase);
+int visual_bonds_process(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,t_atom *jtom,
+ void *data,u8 bc);
+#ifdef VISUAL_THREAD
+void *visual_atoms(void *ptr);
+#else
+int visual_atoms(t_moldyn *moldyn);
+#endif
+
+int fpu_set_rtd(void);