- moldyn->atom=malloc(2*sizeof(t_atom));
- moldyn->atom[0].r.x=0.13*sqrt(3.0)*LC_SI/2.0;
- moldyn->atom[0].r.y=0;
- moldyn->atom[0].r.z=0;
- moldyn->atom[0].element=SI;
- moldyn->atom[0].mass=M_SI;
- moldyn->atom[1].r.x=-si[0].r.x;
- moldyn->atom[1].r.y=0;
- moldyn->atom[1].r.z=0;
- moldyn->atom[1].element=SI;
- moldyn->atom[1].mass=M_SI;
+ md.atom=malloc(md.count*sizeof(t_atom));
+ md.atom[0].r.x=0.23*sqrt(3.0)*LC_SI/2.0;
+ md.atom[0].r.y=0;
+ md.atom[0].r.z=0;
+ md.atom[0].element=SI;
+ md.atom[0].mass=M_SI;
+ md.atom[1].r.x=-md.atom[0].r.x;
+ md.atom[1].r.y=0;
+ md.atom[1].r.z=0;
+ md.atom[1].element=SI;
+ md.atom[1].mass=M_SI;
+
+ //md.atom[2].r.x=0.5*(a-1)*LC_SI;
+ //md.atom[2].r.y=0.5*(b-1)*LC_SI;
+ //md.atom[2].r.z=0;
+ //md.atom[2].element=C;
+ //md.atom[2].mass=M_C;
+
+ //md.atom[3].r.x=0.5*(a-1)*LC_SI;
+ //md.atom[3].r.y=0;
+ //md.atom[3].r.z=0;
+ //md.atom[3].element=SI;
+ //md.atom[3].mass=M_SI;