fixed virial calc!

new runmd script for the rx200

introduced albe_orig (much faster!) + small change for c2, d2, c2/d2 ...

new albe potential + new force calc routine (old potentials need to be
adapted!)

added time command

first init of new albe implementation (still warnings!)

adapted to play around with new albe implementation

secured original albe implementation

fixed tersoff virial calc

added 2b bond check for tersoff

correction of fatal errors!

implemented continue featue + skipped d calc in bond_analyze function

new things to remember!

displace stage type added

more precise print for t and p scaling

added display atom data tool

remeber file .. wichtig

1-6

centre atoms for visualization

search bonds using infrastructure now, new visual atoms tool

tool to search for bonds

added position insertion method + fixed positioning

added pse file

deleted printfs

stupid unit mistake prelax dp

more verbose insertion + d2 fix

avgrst fix + introduced px,py,pz into moldyn (for future use)

unstable but might run ...

safety checkin before mensa

fixed compile errors, no testing yet!

safety checkin

mdrun iinit. untested + not working by now!

adapted all potential to new scheme + necessary mods to main code

fixed bond analyze, introduced more comfortable set potential function,
adapted other functions

introduce a 2body bond function with callback, modified pair corr calc
approp + introduced minimal bond analyze code

implemented basic p ctrl stuff + video with 13 fps

optimized force eval in k loop!

changed visualize script from angstrom to unit cell lengthes

finished diffusion code

added diffusion code

changed state machine behaviour

added normalization to pair correlation calc

added 001 dumbbell config + user dfefined insertion location

mencoder mf options

start of diffusion calc function

new default camera position in run script

added run script for the rx200 cluster

fixed title name

rewritten state machine

no DEBUG by default

initial lattice control

added insertion type controled by config.h

added DATOM definition

more structured run script (concerning visualization)

extended debugging, implemented fixed position attribute

pair corr calc atom data offset correction

enhanced visualize script to create single images

changes to pair correlation calc code

added $1 check - removed lots of files :(

fixed missing init for new atoms (especially force!) + increased insert
relaxation time + added some more critical debugging checks

increased relaxation steps + introduced average reset + added critical
check in verlet routine + modified sic delta t action + cleanups

added (sample) configuration file

float-store bugfix (unstatisfying!) + slightly new design of sic.c

some changes (still invalid pointer freed!)

added static lists (but: glibc double free prob (for both lists!))

added pair correlation calc code

adding pair correlation function

isecurity checkin .. .we have the diffs anyways!

more interstitial testing, added bond visualization

incorporated visual functions to moldyn api

added del_atom function

auto read atom count

more defines, current sic.c for calculationg interstitial formation
energies

changed default resolution

changed signes -> more intuitive!

energy_scale bug + log count bug fixed

3 methods of calculating interstitial formation energies

Makefile: clean everything, moldyn: add time info

added some definitions to make the testing app sic more comfortable

corrected save file open call

corrected include

some initial foo checkin of posic (posic reimplemantation)

examples/hints added

new Makefile

terrible mistake! adjusted cutoff for SiC

added povconv tool to convert fron moldyn to parcs/rasmol output

initial checkin for config.default (prepare new md.c to parse config files)

added very simple delta e calc script

test without float-store compiler option

manual boundaries

visualization stuff

sualization mods + adabtions

changes to visualization, not finished by now!

added postproc stuff, sic mods (today i was a lazy ass!)

small mods to support site energies and kinetic energies per atom

prepared another way of carbon injection

runtime schedule adding and injection of c atoms

runtime schedule adding => hooks must be executed even without following
schedule

's/for/while/' <- runtime schedule adding possible now

average calc moved, more fscking virial testing