added Posselt formation energy calc

added parcas to moldyn conversion tool (md.movie -> xyz format)

added del_atoms, playing with Ef calc, some more TODO

regular checkin of logfile

implemented sphere insertion

increased line size (parse config) + zero defect subtype

cleaned partial lattice create + added defect feature, adabted md code +
some minor changes: ask diff! :) - xmas checkin ...

aded visual atoms script ...

security checkin: fixes to lattice stage, px py pz calc (now default!
TAKE CARE) and stuff i forgot ...

added partition support in create_lattice function

PTHREADS printf, made neighbour index thread safe, check of mutex
(un)lock return values

added MATTONI force field (left parameters by now)

virial calc define + default amount threads -> 2

added time font in visualization code

forgot to free the atom mutex

pthredas working now (by partitioning atoms into count/#THREADS blocks)

pthreads implemented (fucking slow!)

new imp of pthread approach

pthreads -> albe fast (beginning)

pthread imp started for orig albe (more easier in the beginning)

io thread needed for visual atom call! changed.

added pthreads (for io only by now) + refresh screen for i count +
longer save file names

added count column to bond_analyze code

visual atoms using moldyn func now, updated TODO, atom_match build by
Makefile

first simple atom match code

todo init

introduced process_neighbours function

optional elment and brand type in fill cmd now

multiple save files to get pc

introduced lowmem lists

fixed static lists + first work on lowmem lists

supply c2, d2, c2/d2

pse handling again

new pse handling

first attempts: parallel, albe_fast. fpu_ctrl. cleaned first j loop.
more ...

new pse handling

added optimization flags + none-module compilation (speedup!)

added interval for anneal stage

added set_temp and set_timestep stages

modified bond analyze + added a script

timestep -> tau

introduced time constant in scaling methods

removed the +

added debug aattr print + initialize nnd for 'none' lattice manually

introduced critical max (didn't help though!)

corrected a tab

insert mixed atoms feature added (will be renamed an cleand up later)
still problematic!

modified runmd scripts + added pressure debug line (commented) to moldyn

fixed virial (for albe pot)

fixed tersoff virial calc

added 2b bond check for tersoff

correction of fatal errors!

implemented continue featue + skipped d calc in bond_analyze function

new things to remember!

displace stage type added

more precise print for t and p scaling

added display atom data tool

remeber file .. wichtig

1-6

centre atoms for visualization

search bonds using infrastructure now, new visual atoms tool

tool to search for bonds

added position insertion method + fixed positioning

added pse file

deleted printfs

stupid unit mistake prelax dp

more verbose insertion + d2 fix

avgrst fix + introduced px,py,pz into moldyn (for future use)

unstable but might run ...

safety checkin before mensa

fixed compile errors, no testing yet!

safety checkin

mdrun iinit. untested + not working by now!

adapted all potential to new scheme + necessary mods to main code

fixed bond analyze, introduced more comfortable set potential function,
adapted other functions

introduce a 2body bond function with callback, modified pair corr calc
approp + introduced minimal bond analyze code

implemented basic p ctrl stuff + video with 13 fps

optimized force eval in k loop!

changed visualize script from angstrom to unit cell lengthes

finished diffusion code

added diffusion code

changed state machine behaviour

added normalization to pair correlation calc

added 001 dumbbell config + user dfefined insertion location

mencoder mf options

start of diffusion calc function

new default camera position in run script

added run script for the rx200 cluster

fixed title name

rewritten state machine

no DEBUG by default

initial lattice control

added insertion type controled by config.h

added DATOM definition

more structured run script (concerning visualization)

extended debugging, implemented fixed position attribute

pair corr calc atom data offset correction

enhanced visualize script to create single images

changes to pair correlation calc code

added $1 check - removed lots of files :(