new version of the reply
[lectures/latex.git] / posic / publications / defect_combos_reply01.txt
1 Dear Editor,
2
3 thank you for the feedback to our submission. We included most of the
4 suggestions of the referees and believe that they were very helpful to
5 improve the quality of our manuscript.
6
7 Please find below the summary of changes and a detailed response to
8 the recommendations of the referees.
9
10 Sincerely,
11
12 Frank Zirkelbach
13
14
15 ------------------ Summary of changes ------------------
16
17  - = line removed + = line added
18
19 Change 1) #########
20
21 -Sampling of the Brillouin zone was restricted to the $\Gamma$-point.
22
23 +To reduce the computational effort sampling of the Brillouin zone was
24  restricted to the $\Gamma$-point, which has been shown to yield
25  reliable results\cite{dal_pino93}.
26
27 Change 2) #########
28
29 +Formation energies and structures are reasonably converged with
30  respect to the system size.
31
32 Change 3) #########
33
34 +The observed changes in volume were less than \unit[0.2]{\%} of the
35  volume indicating a rather low dependence of the results on the
36  ensemble choice.
37
38 Change 4) #########
39
40 +While not guaranteed to find the true minimum energy path, the method
41  turns out to identify reasonable pathways for the investigated
42  structures.
43
44 Change 5) #########
45
46 +In the same way defect formation energies are determined in the
47  articles used for comparison.
48
49 Change 6) #########
50
51 -\caption{Binding energies of combinations of a C$_{\text{s}}$ and a
52  Si$_{\text{i}}$ DB with respect to the separation distance. The
53  binding energies of the defect pairs are well approximated by a
54  Lennard-Jones 6-12 potential, which is used for curve fitting.}
55
56 +\caption{Binding energies of combinations of a C$_{\text{s}}$ and a
57  Si$_{\text{i}}$ DB with respect to the separation distance. The
58  interaction strength of the defect pairs are well approximated by a
59  Lennard-Jones 6-12 potential, which is used for curve fitting.}
60
61 -The interaction of the defects is well approximated by a
62  Lennard-Jones 6-12 potential, which was used for curve fitting.
63
64 +The interaction of the defects is well approximated by a
65  Lennard-Jones (LJ) 6-12 potential, which is used for curve fitting.
66
67 +Unable to model possible positive values of the binding energy, i.e.
68  unfavorable configurations, located to the right of the minimum, the
69  LJ fit should rather be thought of an envelope describing the
70  interaction strength, i.e. the absolute value of the binding energy.
71
72 -The Lennard-Jones fit estimates almost zero interaction already at
73  \unit[0.6]{nm}, indicating a low interaction capture radius of the
74  defect pair.
75
76 +The LJ fit estimates almost zero interaction already at
77  \unit[0.6]{nm}, indicating a low interaction capture radius of the
78  defect pair.
79
80
81
82 --------------- Response to recommendations ----------------
83
84 Ref 1:
85
86 a)
87
88 Chosing a 216 atom supercell constitutes a tradeoff, of course.
89 However, it is considered the optimal choice with respect to both,
90 computing time and accuracy of the results.
91
92 The convergence of the formation energies of single defects with
93 respect to the size of the supercell is ensured. For this reason, they
94 are reffered to as single isolated defects.
95
96 It is not our purpose to separate defects by a large distance in order
97 to approximate the situation of isolated defects. However, we find
98 that for increasing defect distance configurations appear, which
99 converge to the energetics of two isolated defects. This is indicated
100 by the (absolute value of the) binding energy, which is approaching
101 zero with increasing distance. From this, we conclude a decrease in
102 interaction, which is already observable for defect separation
103 distances accessible in our simulations. This is stated in the text
104 already in the early beginning of section III B.
105
106 Nevertheless, the focus is on closely neighbored, interacting defects
107 (for which an interaction with their own image is, therefore, supposed
108 to be neglectable small, too). At no time, our aime was to investigate
109 single isolated defect structures and their properties by increasing
110 the separation distance of two defects belonging to a a defect
111 combination.
112
113 A note is added to let the reader know that convergence with respect
114 to the system size is ensured. (-> Change 2)
115
116 b)
117
118 For large supercells the k-point constituting the avareage point over
119 the Brillouine zone approaches the Gamma point. Indeed k-point
120 convergence was observed for the Gamma point already for a 32 atom
121 supercell in 'PRB 47 (1993) 12554' by comparing it to defect
122 calculations considering the Baldereschi point. Again, the reason for
123 chosing Gamma point only calculations is to reduce computational
124 efforts.
125
126 The respective citation and an explanation is added. (-> Change 1)
127
128 c1) 
129
130 In experiment substrate swelling is observed for high-dose carbon
131 implantation into silicon. Indeed, using the NpT ensemble for
132 calculations of a single (double) C defect in Si is questionable.
133 However, only small changes in volume were observed and, thus, it is
134 assumed that there is no fundamental difference between calculations
135 in the canonical and isothermal-isobaric ensemble.
136
137 Constant volume calculations were not performed and, thus, we cannot
138 provide concrete differences.
139
140 The fact that there are only small changes in volume is added to the
141 methodology section. (-> Change 3)
142
143 c2)
144
145 A slightly modified version of the constrained conjugate gradient
146 relaxation method is used. It is named in the very beginning of the
147 second part of chapter II and a reference is given. Although, in
148 general, the method not necessarily unveils the lowest energy
149 migration path it gives reasonable results for the specific system.
150 This can be seen for the resulting pathway of C interstitial DB
151 migration, for which the activation energy perfectly matches
152 experimental data.
153
154 A hint that there is no guarantee to identify the true minimum energy
155 path is added into the methodology section. (-> Change 4)
156
157 d)
158
159 We defined the formation energy in the same way as it was done in the
160 articles we compare our resluts to. They used SiC as a reference
161 particle reservoir. Using the same reservoir, we can directly compare
162 the defect formation energies.
163
164 Explanation added to methodology section. (-> Change 5)
165
166 e)
167
168 The results are given in chapter III section A (Separated defects in
169 silicon). The formation energy is 3.63 eV (Table I), which fits quite
170 well to experimental estimates. A very good agreement is achieved with
171 another theoretical investigation, which is stated in Table I.
172
173 f)
174
175 There is no model we propose that would demand a Lennard-Jones-like
176 interaction of the defect pair. However, the LJ fit quite well
177 indicates the decrease of the interaction with increasing distance.
178 Although there is a positive value at ~0.45 nm (indeed there is no
179 zero value!), this does not mean that the interaction dropped to zero.
180 Indeed the absolute value of the binding energy is higher than that of
181 the slightly lower separations (though oppositely signed) indicating
182 an energetically unfavorable configuration (due to the interaction,
183 which, thus, is not zero at all).
184
185 The referee is right, however, that LJ is not adequate for describing
186 this kind of interaction behaviour since it does not account for
187 possible positive values located to the right of the minimum.
188 However, after mirroring the positive values of the binding energies
189 with respect to the x axis, the LJ fit would still describe very well
190 the interaction characteristics. Thus, the LJ fit should be thought of
191 an envelope describing the interaction strength.
192
193 This is now clarified in the text and figure caption. (-> Change 6)
194
195 beginning and final remark)
196
197 Although differences of 0.2 eV in DFT calculations would generally be
198 acknowledged to be insignificant when being compared to experimental
199 results or data of other ab initio studies, these differences are
200 considered to be reliable when comparing results, i.e. differences in
201 energy, of a systematic study among each other. This is commonly done
202 as can be seen in a great deal of literature, of which some is cited
203 in the section of the present manuscript that investigates defect
204 structures and formation energies. Very often differences less than
205 0.2 eV are obtained and conclusions on the stability of a particular
206 structure are derived.
207
208 Cutting the discussion in each section down to 10-20 lines as proposed
209 by the referee would stringently result in the loss of valuable
210 information and details that are of particular interest giving new
211 insights to the physics of carbon defect structures and diffusion
212 processes in silicon.
213
214 Ref 2:
215
216 For the specific case of C defects in Si, a theoretical study (PRB 47
217 (1993) 12554) showed that convergence by less than 0.02 eV with
218 respect to the k point mesh is already achieved for a 32 atom
219 supercell sampling the Brillouine zone at the Gamma point.
220
221 Of course, the choice of the k point mesh constitutes a tradeoff
222 concerning accuracy and computational effort. 
223
224 As proposed by the referee, the respective citation and explanation is
225 added into the methodology section. (-> Change 1)
226