posic/thesis/code.tex

   1 \chapter{Description of programs and tools}
   2 \label{app:code}
   3
   4 Some selected programs and tools utilized within this study are introduced in the following.
   5 The source code is available for download\footnote{http://www.physik.uni-augsburg.de/\~{}zirkelfr/posic}.
   6 The \textsc{vasp} utilities reside in the {\em vasp\_tools} subdirectory included within the \textsc{posic} source.
   7
   8 \section[Contents of the {\normalfont\textsc{posic}} program suite]{Contents of the POSIC program suite}
   9
  10 \subsection{The molecular dynamics application}
  11
  12 \paragraph{mdrun.\{c,h\}}
  13 constitutes the actual, executable molecular dynamics application program.
  14 \paragraph{config.default}
  15 is a sample configuration file that is parsed by the {\em mdrun} application.
  16 \paragraph{moldyn.\{c,h\}}
  17 includes all the molecular dynamics routines.
  18 \paragraph{potentials/albe.\{c,h\}}
  19 implements the energy and force evaluation of the potential.
  20 \paragraph{list/list.\{c,h\}}
  21 contains code for the management of linked lists.
  22 \paragraph{random/random.\{c,h\}}
  23 deals with random numbers and distributions.
  24 \paragraph{math/math.h}
  25 provides inlined mathematical functions.
  26 \paragraph{runmd, runmd\_rx200}
  27 script starting the {\em mdrun} application and postprocessing.
  28
  29 \subsection{Postprocessing tools}
  30
  31 \paragraph{calc\_delta\_e}
  32 determines defect formation energies using SiC as a particle reservoir.
  33 \paragraph{pair\_correlation\_calc.c}
  34 computes the radial dsitribution function.
  35 \paragraph{display\_atom\_data.c}
  36 displays atom specific information.
  37 \paragraph{bond\_analyze.c}
  38 counts the amount of C atoms that have four Si neighbors.
  39 \paragraph{bond\_analyze\_script}
  40 performs bond analysis on a large quantity of data.
  41 \paragraph{search\_bonds.c}
  42 prints out pairs of atoms featuring specific bond properties.
  43 \paragraph{visual\_atoms.c}
  44 creates a detailed atomic datafile.
  45 \paragraph{visualize}
  46 creates images of atomic configurations.
  47 \paragraph{parcasconv}
  48 converts \textsc{parcas} output to \textsc{posic} format.
  49 \paragraph{povconv}
  50 converts \textsc{posic} output to \textsc{parcas/rasmol} format.
  51 \paragraph{s2xyz.c}
  52 extracts (modified) {\em xyz} data from \textsc{posic} save files.
  53 \paragraph{ppm2avi}
  54 creates a movie out of atomic configuration images.
  55
  56 \section[{\normalfont\textsc{vasp}} utilities]{VASP utilities}
  57
  58 \subsection[Operating {\normalfont\textsc{vasp}}]{Operating VASP}
  59
  60 \paragraph{create\_lattice.c}
  61 create the lattice in \textsc{vasp} POSCAR fomat.
  62 \paragraph{runvasp\_rx200}
  63 executing \textsc{vasp} on the Augsburg Linux Compute Cluster.
  64 \paragraph{sd\_rot\_all-atoms.patch}
  65 enables selected dynamics in a user-defined basis for every atom.
  66 \paragraph{mig\_fullct.sh}
  67 calculates a series of configurations within a migration path.
  68
  69 \subsection{Postprocessing utilities}
  70
  71 \paragraph{mig\_calc}
  72 prints out the configurational energies within a migration path.
  73 \paragraph{e\_coh}
  74 calculates the cohesive energy.
  75 \paragraph{e\_form\_tersoff}
  76 calculates defect formation energies using SiC as a particle reservoir.
  77 \paragraph{e\_fc}
  78 calculates the binding energy of a defect pair.
  79 \paragraph{get\_ks\_levels}
  80 creates the Kohn-Sham level diagram.
  81 \paragraph{visualize}
  82 creates images of atomic configurations.
  83