c-conc and p-val colour table output added
[physik/nlsop.git] / nlsop.c
diff --git a/nlsop.c b/nlsop.c
index 578a1de..2222fca 100644 (file)
--- a/nlsop.c
+++ b/nlsop.c
@@ -283,7 +283,7 @@ int calc_pressure(d3_lattice *d3_l,int range)
       }
      }
     }
-    *(unsigned char *)(d3_l->v_ptr+x+y*d3_l->max_x+z*d3_l->max_x*d3_l->max_y)=(unsigned char)(count*255/max);
+    *((unsigned int *)(d3_l->v_ptr)+x+y*d3_l->max_x+z*d3_l->max_x*d3_l->max_y)=(count*500/max);
    }
   }
  }
@@ -318,7 +318,6 @@ int write_ac_distr(d3_lattice *d3_l,int ac_distr)
  char file[32];
  int si_count;
  
- si_count=d3_l->max_x*d3_l->max_y*SI_PER_VOLUME;
  if(ac_distr==1) strcpy(file,"carbon_in_av.plot");
  if(ac_distr==2) strcpy(file,"carbon_in_cv.plot");
  if(ac_distr==3) strcpy(file,"carbon.plot");
@@ -333,23 +332,45 @@ int write_ac_distr(d3_lattice *d3_l,int ac_distr)
  for(z=0;z<d3_l->max_z;z++)
  {
   count=0;
+  si_count=0;
   for(x=0;x<d3_l->max_x;x++)
   {
    for(y=0;y<d3_l->max_y;y++)
    {
     offset=x+y*d3_l->max_x+z*d3_l->max_x*d3_l->max_y;
     if(ac_distr==1)
-     if(*(d3_l->status+offset)&AMORPH) count+=*(d3_l->extra+offset);
+     if(*(d3_l->status+offset)&AMORPH)
+     {
+      count+=*(d3_l->extra+offset);
+      si_count+=1;
+     }
     if(ac_distr==2)
-     if(!(*(d3_l->status+offset)&AMORPH)) count+=*(d3_l->extra+offset);
-    if(ac_distr==3) count+=*(d3_l->extra+offset);
+     if(!(*(d3_l->status+offset)&AMORPH))
+     {
+      count+=*(d3_l->extra+offset);
+      si_count+=1;
+     }
+    if(ac_distr==3)
+    {
+     count+=*(d3_l->extra+offset);
+     si_count+=1;
+    }
     if(ac_distr==4)
      if(*(d3_l->status+offset)&AMORPH) count+=1;
    }
   }
-#ifndef MAC
+  si_count*=SI_PER_VOLUME;
   if(ac_distr==4) dprintf(fd,"%d %d\n",z*CELL_LENGTH,count);
-  else dprintf(fd,"%d %f\n",z*CELL_LENGTH,100.0*count/si_count);
+#ifdef ATPROZ
+  else
+  {
+   if(si_count)
+    dprintf(fd,"%d %f\n",z*CELL_LENGTH,100.0*count/(si_count+count));
+   else
+    dprintf(fd,"%d 0\n",z*CELL_LENGTH);
+  }
+#else
+  else dprintf(fd,"%d %d\n",z*CELL_LENGTH,count/(d3_l->max_x*d3_l->max_y));
 #endif
  }
  close(fd);
@@ -414,7 +435,7 @@ int write_bmp(d3_lattice *d3_l,int window,u32 x,u32 y,u32 z,int max)
  }
  if(window==7)
  {
-  sprintf(bmpfile,"x-z_a_cdistr_%d.bmp",y);
+  sprintf(bmpfile,"x-z_pressure_%d.bmp",y);
   foo=3*d3_l->max_x;
   size=(foo+(4-foo%4))*d3_l->max_z;
   height=d3_l->max_z;
@@ -422,7 +443,7 @@ int write_bmp(d3_lattice *d3_l,int window,u32 x,u32 y,u32 z,int max)
  }
  if(window==8)
  {
-  sprintf(bmpfile,"y-z_a_cdistr_%d.bmp",x);
+  sprintf(bmpfile,"y-z_pressure_%d.bmp",x);
   foo=3*d3_l->max_y;
   size=(foo+(4-foo%4))*d3_l->max_z;
   height=d3_l->max_z;
@@ -430,7 +451,7 @@ int write_bmp(d3_lattice *d3_l,int window,u32 x,u32 y,u32 z,int max)
  }
  if(window==9)
  {
-  sprintf(bmpfile,"x-y_a_cdistr_%d.bmp",z);
+  sprintf(bmpfile,"x-y_pressure_%d.bmp",z);
   foo=3*d3_l->max_x;
   size=(foo+(4-foo%4))*d3_l->max_y;
   height=d3_l->max_y;
@@ -591,8 +612,15 @@ int write_bmp(d3_lattice *d3_l,int window,u32 x,u32 y,u32 z,int max)
    for(i=0;i<d3_l->max_x;i++)
    {
     sum=*(d3_l->extra+i+y*d3_l->max_x+(d3_l->max_z-j-1)*d3_l->max_x*d3_l->max_y);
-    sum=sum*255/max;
-    memset(buf,(unsigned char)sum,3);
+    sum=sum*500/max;
+    buf[2]=0;
+    if(sum<=255) {
+      buf[1]=0;
+      buf[0]=sum;
+    } else {
+      buf[1]=(sum-255);
+      buf[0]=0xff;
+    }
     if(write(fd,buf,3)<3)
     {
      puts("failed writing rgb values to bmp file");
@@ -617,8 +645,15 @@ int write_bmp(d3_lattice *d3_l,int window,u32 x,u32 y,u32 z,int max)
    for(i=0;i<d3_l->max_x;i++)
    {
     sum=*(d3_l->extra+x+i*d3_l->max_x+(d3_l->max_z-j-1)*d3_l->max_x*d3_l->max_y);
-    sum=sum*255/max;
-    memset(buf,(unsigned char)sum,3);
+    sum=sum*500/max;
+    buf[2]=0;
+    if(sum<=255) {
+      buf[1]=0;
+      buf[0]=sum;
+    } else {
+      buf[1]=(sum-255);
+      buf[0]=0xff;
+    }
     if(write(fd,buf,3)<3)
     {
      puts("failed writing rgb values to bmp file");
@@ -643,8 +678,15 @@ int write_bmp(d3_lattice *d3_l,int window,u32 x,u32 y,u32 z,int max)
    for(i=0;i<d3_l->max_x;i++)
    { 
     sum=*(d3_l->extra+i+(d3_l->max_y-j-1)*d3_l->max_x+z*d3_l->max_x*d3_l->max_y);
-    sum=sum*255/max;
-    memset(buf,(unsigned char)sum,3);
+    sum=sum*500/max;
+    buf[2]=0;
+    if(sum<=255) {
+      buf[1]=0;
+      buf[0]=sum;
+    } else {
+      buf[1]=(sum-255);
+      buf[0]=0xff;
+    }
     if(write(fd,buf,3)<3)
     {
      puts("failed writing rgb values to bmp file");
@@ -668,10 +710,15 @@ int write_bmp(d3_lattice *d3_l,int window,u32 x,u32 y,u32 z,int max)
   {
    for(i=0;i<d3_l->max_x;i++)
    {
-    if(*(d3_l->status+i+y*d3_l->max_x+(d3_l->max_z-j-1)*d3_l->max_x*d3_l->max_y)&RED) sum=*(d3_l->extra+i+y*d3_l->max_x+(d3_l->max_z-j-1)*d3_l->max_x*d3_l->max_y);
-    else sum=0;
-    sum=sum*255/max;
-    memset(buf,(unsigned char)sum,3);
+    sum=*((unsigned int *)(d3_l->v_ptr)+i+y*d3_l->max_x+(d3_l->max_z-j-1)*d3_l->max_x*d3_l->max_y);
+      buf[0]=0;
+    if(sum<=255) {
+      buf[1]=0;
+      buf[2]=sum;
+    } else {
+      buf[1]=(sum-255);
+      buf[2]=0xff;
+    }
     if(write(fd,buf,3)<3)
     {
      puts("failed writing rgb values to bmp file");
@@ -695,10 +742,15 @@ int write_bmp(d3_lattice *d3_l,int window,u32 x,u32 y,u32 z,int max)
   {                     
    for(i=0;i<d3_l->max_x;i++)
    {
-    if(*(d3_l->status+x+i*d3_l->max_x+(d3_l->max_z-j-1)*d3_l->max_x*d3_l->max_y)&RED) sum=*(d3_l->extra+x+i*d3_l->max_x+(d3_l->max_z-j-1)*d3_l->max_x*d3_l->max_y);
-    else sum=0;
-    sum=sum*255/max;
-    memset(buf,(unsigned char)sum,3);
+    sum=*((unsigned int *)(d3_l->v_ptr)+x+i*d3_l->max_x+(d3_l->max_z-j-1)*d3_l->max_x*d3_l->max_y);
+      buf[0]=0;
+    if(sum<=255) {
+      buf[1]=0;
+      buf[2]=sum;
+    } else {
+      buf[1]=(sum-255);
+      buf[2]=0xff;
+    }
     if(write(fd,buf,3)<3)
     {
      puts("failed writing rgb values to bmp file");
@@ -722,10 +774,16 @@ int write_bmp(d3_lattice *d3_l,int window,u32 x,u32 y,u32 z,int max)
   {  
    for(i=0;i<d3_l->max_x;i++)
    {
-    if(*(d3_l->status+i+(d3_l->max_y-j-1)*d3_l->max_x+z*d3_l->max_x*d3_l->max_y)&RED) sum=*(d3_l->extra+i+(d3_l->max_y-j-1)*d3_l->max_x+z*d3_l->max_x*d3_l->max_y);
-    else sum=0;
-    sum=sum*255/max;
-    memset(buf,(unsigned char)sum,3);
+    sum=*((unsigned int *)(d3_l->v_ptr)+i+(d3_l->max_y-j-1)*d3_l->max_x+z*d3_l->max_x*d3_l->max_y);
+      buf[0]=0;
+    if(sum<=255) {
+      buf[1]=0;
+      buf[2]=sum;
+    } else {
+      buf[1]=(sum-255);
+      buf[2]=0xff;
+    }
+    printf("sum = %d => r: %02x g: %02x b: %02x\n",sum,buf[2],buf[1],buf[0]);
     if(write(fd,buf,3)<3)
     {
      puts("failed writing rgb values to bmp file");
@@ -932,7 +990,6 @@ int load_from_file(char *lf,d3_lattice *d3_l,info *my_inf)
 
 int convert_file(char *cf,d3_lattice *d3_l)
 {
-#ifndef MAC
  int x,y,z;
  int c_fd;
 
@@ -953,7 +1010,6 @@ int convert_file(char *cf,d3_lattice *d3_l)
   }
  }
  close(c_fd);
-#endif
 
  return 1;
 }
@@ -1066,12 +1122,45 @@ u32 get_reject_graph(info *my_info,d3_lattice *d3_l,char *file,u32 *graph) {
  return max;
 }
 
+int get_amorphous_layer_info(d3_lattice *d3_l,int *sai,int *sacl,int *eacl) {
+  int i,j,a,oend,nend,count;
+  unsigned char sacl_is_set=0;
+  unsigned char eacl_is_set=0;
+  unsigned char sai_is_set=0;
+
+  a=d3_l->max_x*d3_l->max_y;
+  nend=a;
+  oend=0;
+
+  for(i=0;i<d3_l->max_z;i++) {
+    count=0;
+    for(j=oend;j<nend;j++) if(*(d3_l->status+j)&AMORPH) count++;
+    oend=nend;
+    nend+=a;
+    if((count>=A_START*a)&&(!sai_is_set)) {
+      *sai=i;
+      sai_is_set=1;
+    }
+    if((count>=AC_START*a)&&(!sacl_is_set)) {
+      *sacl=i;
+      sacl_is_set=1;
+    }
+    if((count<=A_END*a)&&(sacl_is_set)&&(!eacl_is_set)) {
+      *eacl=i;
+      eacl_is_set=1;
+    }
+    if((eacl_is_set)&&(count>=A_END*a)) eacl_is_set=0;
+  }
+  return 1;
+}
+
 int main(int argc,char **argv)
 {
  u32 x,y,z,x_c,y_c,z_c;
  int i,j,quit,escape,switchmode,nowait,bmp,ac_distr;
  int refresh,resave;
  int c_step;
+ int sai,sacl,eacl;
  char s_file[MAX_CHARS];
  char s_file_tmp[MAX_CHARS];
  char l_file[MAX_CHARS];
@@ -1095,17 +1184,19 @@ int main(int argc,char **argv)
  char zdiff_txt[MAX_TXT];
  char diff_txt[MAX_TXT];
  char dr_ac_txt[MAX_TXT];
- char dr_cc_txt[MAX_TXT];
  char dose_txt[MAX_TXT];
  char mode_txt[MAX_TXT];
  char hpi_txt[MAX_TXT];
- char csat_txt[MAX_TXT];
+ char srate_txt[MAX_TXT];
+ char start_ai_txt[MAX_TXT];
+ char start_acl_txt[MAX_TXT];
+ char end_acl_txt[MAX_TXT];
  char *arg_v[MAX_ARGV];
 #endif
  d3_lattice d3_l;
  info my_info;
  unsigned char mode;
//double c_ratio;
+ double c_ratio;
 #ifdef USE_DFB_API
  int max_extra;
 #endif
@@ -1113,6 +1204,7 @@ int main(int argc,char **argv)
  u32 *n_e_loss;
  u32 ne_max,ip_max;
  u32 nel_z;
+ unsigned char do_sputter;
 
  d3_l.max_x=_X;
  d3_l.max_y=_Y;
@@ -1144,6 +1236,10 @@ int main(int argc,char **argv)
  mode=0;
  ne_max=0;
  ip_max=0;
+ sai=0;
+ sacl=0;
+ eacl=0;
+ do_sputter=1;
 
 #ifdef MORE_PRINTF
  printf("reading argv ...");
@@ -1250,23 +1346,18 @@ int main(int argc,char **argv)
  }
 #endif
 
-#ifdef MORE_PRINTF
- printf("rand init ...");
-#endif
-
+ printf("random api init ...");
  if(!strcmp(r_file,"")) rand_init(NULL);
  else rand_init(r_file);
-
-#ifdef MORE_PRINTF
  printf(" done\n");
- printf("allocating data ...");
-#endif
 
  if(!strcmp(l_file,""))
  {
   i=d3_l.max_x*d3_l.max_y*d3_l.max_z;
 #ifdef USE_DFB_API
+  printf("d3 lattice init ...");
   d3_lattice_init(&argc,argv,&d3_l);
+  printf(" done\n");
 #endif
   if((d3_l.status=(unsigned char *)malloc(i*sizeof(unsigned char)))==NULL)
   {
@@ -1282,7 +1373,9 @@ int main(int argc,char **argv)
   memset(d3_l.extra,0,i*sizeof(int));
  } else
  {
+  printf("loading file ...");
   load_from_file(l_file,&d3_l,&my_info);
+  printf(" done\n");
   if(convert) 
   {   
    if(!strcmp(c_file,"")) sprintf(c_file,"%s_gnuplot",l_file);
@@ -1292,23 +1385,23 @@ int main(int argc,char **argv)
    return 1;
   }
 #ifdef USE_DFB_API
-  else d3_lattice_init(&argc,argv,&d3_l);
+  printf("d3 lattice init ...");
+  d3_lattice_init(&argc,argv,&d3_l);
+  printf(" done\n");
 #endif
  }
 
-#ifdef MORE_PRINTF
- printf(" done\n");
-#endif
-
 #ifdef USE_DFB_API
+ printf("event init ...");
  d3_event_init(&d3_l);
+ printf(" done\n");
 #endif
 
 #ifdef USE_DFB_API
  strcpy(a_txt,"args:");
  sprintf(s_txt,"steps: %d",my_info.steps);
  sprintf(dose_txt,"dose: %.2fe+17 C/cm²",my_info.steps*1.0/(d3_l.max_x*d3_l.max_y*CELL_LENGTH*CELL_LENGTH*1000));
- sprintf(r_txt,"pressure range: %d",my_info.range);
+ sprintf(r_txt,"stress influence range: %d",my_info.range);
  sprintf(stress_txt,"stress term: %f",my_info.s);
  sprintf(ballistic_txt,"ballistic term: %f",my_info.b);
  sprintf(carbon_txt,"carbon term: %f",my_info.c);
@@ -1317,7 +1410,11 @@ int main(int argc,char **argv)
  sprintf(diff_txt,"diffusion every %d steps",my_info.diff_rate);
  strcpy(mode_txt,"view: a/c mode");
  sprintf(hpi_txt,"hits per ion: %d",my_info.cpi);
- sprintf(csat_txt,"sputter rate (3nm/#c): %d",my_info.s_rate);
+ sprintf(srate_txt,"sputter rate (3nm/#c): %d",my_info.s_rate);
+ get_amorphous_layer_info(&d3_l,&sai,&sacl,&eacl);
+ sprintf(start_ai_txt,"start of a-inclusions: %d nm (%d)",3*sai,sai);
+ sprintf(start_acl_txt,"start of a-layer: %d nm (%d)",3*sacl,sacl);
+ sprintf(end_acl_txt,"end of a-layer: %d nm (%d)",3*eacl,eacl);
  arg_v[1]=mode_txt;
  arg_v[2]=xyz_txt;
  arg_v[3]=status_txt;
@@ -1331,25 +1428,22 @@ int main(int argc,char **argv)
  arg_v[11]=dose_txt;
  arg_v[12]=diff_txt;
  arg_v[13]=zdiff_txt;
- arg_v[14]=r_txt;
+ arg_v[14]=dr_ac_txt;
  arg_v[15]=ballistic_txt;
  arg_v[16]=carbon_txt;
  arg_v[17]=stress_txt;
- arg_v[18]=dr_ac_txt;
- arg_v[19]=dr_cc_txt;
- arg_v[20]=hpi_txt;
- arg_v[21]=csat_txt;
- arg_v[22]=NULL;
- arg_v[23]=NULL;
- arg_v[24]=NULL;
+ arg_v[18]=r_txt;
+ arg_v[19]=hpi_txt;
+ arg_v[20]=srate_txt;
+ arg_v[21]=NULL;
+ arg_v[22]=start_ai_txt;
+ arg_v[23]=start_acl_txt;
+ arg_v[24]=end_acl_txt;
  arg_v[25]=NULL;
 #endif
 
-#ifdef MORE_PRINTF
- printf("random rejection graphs ...");
-#endif
-
  /* compute graphs for random number rejection method */
+ printf("random rejection graphs ...");
  if((c_profile=(u32 *)malloc(d3_l.max_z*sizeof(unsigned int)))==NULL)
  {
   puts("failed allocating memory for carbon profile graph");
@@ -1362,11 +1456,7 @@ int main(int argc,char **argv)
  }
  ip_max=get_reject_graph(&my_info,&d3_l,p_file,c_profile);
  ne_max=get_reject_graph(&my_info,&d3_l,n_e_file,n_e_loss);
-
-#ifdef MORE_PRINTF
  printf(" done\n");
-#endif
-
 
  if((!strcmp(l_file,""))||(c_step))
  {
@@ -1375,14 +1465,14 @@ int main(int argc,char **argv)
   if(c_profile[d3_l.max_z-1]!=0)
   {
    printf("max_z (%d) too small - sputtering not possible\n",d3_l.max_z);
-   return -1;
+   do_sputter=0;
   }
   /* calculate ratio of c_simwindow / c_total */
-  //if(get_c_ratio(&c_ratio,p_file,&my_info,&d3_l)!=1)
-  //{
-  // puts("failed calculating ratio");
-  // return -1;
-  //}
+  if(!do_sputter)
+  {
+   get_c_ratio(&c_ratio,p_file,&my_info,&d3_l);
+   printf("calculated c ratio: %f\n",c_ratio);
+  }
 
   /* sputtering realy possible ?*/
   if(n_e_loss[d3_l.max_z-1]!=0)
@@ -1400,6 +1490,9 @@ int main(int argc,char **argv)
 #endif
 #ifdef DEBUG_NORM
   printf("%d\n",get_rand(d3_l.max_z));
+#endif
+#ifdef DEBUG_LINEAR
+  printf("%d\n",get_rand_lgp(d3_l.max_z,1,0));
 #endif
  if(i==10000000) return 1;
  i++;
@@ -1429,11 +1522,15 @@ int main(int argc,char **argv)
 #ifdef USE_DFB_API
    if(i%refresh==0)
    {
-    sprintf(xyz_txt,"x: %d  y: %d  z: %d",x+1,y+1,z+1);
+    sprintf(xyz_txt,"x: %d  y: %d  z: %d (%d nm)",x+1,y+1,z+1,z*3);
     sprintf(status_txt,"status: %c",(*(d3_l.status+x+y*d3_l.max_x+z*d3_l.max_x*d3_l.max_y)&AMORPH)?'a':'c');
-    sprintf(conc_txt,"conc: %d",*(d3_l.extra+x+y*d3_l.max_x+z*d3_l.max_x*d3_l.max_y));
+    sprintf(conc_txt,"carbon: %d",*(d3_l.extra+x+y*d3_l.max_x+z*d3_l.max_x*d3_l.max_y));
     sprintf(steps_txt,"step: %d",i);
     sprintf(cc_txt,"total c: %d",my_info.cc);
+    get_amorphous_layer_info(&d3_l,&sai,&sacl,&eacl);
+    sprintf(start_ai_txt,"start of a-inclusions: %d nm (%d)",3*sai,sai);
+    sprintf(start_acl_txt,"start of a-layer: %d nm (%d)",3*sacl,sacl);
+    sprintf(end_acl_txt,"end of a-layer: %d nm (%d)",3*eacl,eacl);
     d3_lattice_draw(&d3_l,x,y,z,25,arg_v,mode,0,NULL,0,NULL,0);
    }
 #endif
@@ -1446,7 +1543,7 @@ int main(int argc,char **argv)
 #endif
    }
    i++;
-   if(i%my_info.s_rate==0) sputter(&d3_l);
+   if((do_sputter)&(i%my_info.s_rate==0)) sputter(&d3_l);
   }
  }
 
@@ -1458,14 +1555,20 @@ int main(int argc,char **argv)
 
 #ifdef USE_DFB_API
  /* allocating buffer for pressure values */
- if((d3_l.v_ptr=malloc(d3_l.max_x*d3_l.max_y*d3_l.max_z*sizeof(unsigned char)))==NULL)
+ printf("allocating buffer for preassure values ...");
+ if((d3_l.v_ptr=malloc(d3_l.max_x*d3_l.max_y*d3_l.max_z*sizeof(unsigned int)))==NULL)
  {
   puts("cannot allocate buffer for pressure values");
   return -1;
  }
+ printf(" done\n");
  /* calc values */
+ printf("calculating preassure values ...");
  calc_pressure(&d3_l,my_info.range);
+ printf(" done\n");
+ printf("finding maximum carbon concentration ...");
  max_extra=calc_max_extra(&d3_l);
+ printf(" done\n");
 
  while((quit==0) && (escape==0) && (nowait==0))
  {
@@ -1475,9 +1578,9 @@ int main(int argc,char **argv)
   if(switchmode==2) mode=2;
   if(switchmode==3) mode=3;
   /* end of bahh! */
-  sprintf(xyz_txt,"x: %d  y: %d  z: %d",x+1,y+1,z+1);
+  sprintf(xyz_txt,"x: %d  y: %d  z: %d (%d nm)",x+1,y+1,z+1,z*3);
   sprintf(status_txt,"status: %c",(*(d3_l.status+x+y*d3_l.max_x+z*d3_l.max_x*d3_l.max_y)&AMORPH)?'a':'c');
-  sprintf(conc_txt,"conc: %d",*(d3_l.extra+x+y*d3_l.max_x+z*d3_l.max_x*d3_l.max_y));
+  sprintf(conc_txt,"carbon: %d",*(d3_l.extra+x+y*d3_l.max_x+z*d3_l.max_x*d3_l.max_y));
   sprintf(steps_txt,"step: end");
   sprintf(cc_txt,"total c: %d",my_info.cc);
   if(switchmode==0) strcpy(mode_txt,"view: a/c mode");