runmd_rx200

   1 if [ -z "$1" ]; then
   2         exit
   3 fi
   4
   5 if [ ! -f ./config ]; then
   6         exit
   7 fi
   8
   9 [ ! -d $1 ] && mkdir $1
  10
  11 ./clean $1
  12
  13 cp -v config $1/config
  14
  15 # create run file
  16 rf=`basename $1`
  17 cat > run_$rf <<-EOF
  18 #!/bin/bash
  19 #$ -cwd
  20
  21 ./mdrun -c ./config -s $1
  22
  23 EOF
  24
  25 # submit job
  26 qsub -q all.q run_$rf
  27