posic/thesis/code.tex

   1 \chapter{Description of programs and tools}
   2 \label{app:code}
   3
   4 Some selected programs and tools utilized within this study are introduced in the following.
   5 The source code is available for download\footnote{http://www.physik.uni-augsburg.de/\~{}zirkelfr/posic}.
   6 The \textsc{vasp} utilities reside in the {\em vasp\_tools} subdirectory included within the \textsc{posic} source.
   7
   8 \section[Contents of the {\normalfont\textsc{posic}} program suite]{Contents of the POSIC program suite}
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  10 \subsection{The molecular dynamics application}
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  12 \textbf{mdrun.\{c,h\}}
  13 constitutes the actual, executable molecular dynamics application program.\\
  14 \textbf{config.default}
  15 is a sample configuration file that is parsed by the {\em mdrun} application.\\
  16 \textbf{moldyn.\{c,h\}}
  17 includes all the molecular dynamics routines.\\
  18 \textbf{potentials/albe.\{c,h\}}
  19 implements the energy and force evaluation of the potential.\\
  20 \textbf{list/list.\{c,h\}}
  21 contains code for the management of linked lists.\\
  22 \textbf{random/random.\{c,h\}}
  23 deals with random numbers and distributions.\\
  24 \textbf{math/math.h}
  25 provides inlined mathematical functions.\\
  26 \textbf{runmd, runmd\_rx200}
  27 starts the {\em mdrun} application and postprocessing.
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  29 \subsection{Postprocessing tools}
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  31 \textbf{calc\_delta\_e}
  32 determines defect formation energies using SiC as a particle reservoir.\\
  33 \textbf{pair\_correlation\_calc.c}
  34 computes the radial distribution function.\\
  35 \textbf{display\_atom\_data.c}
  36 displays atom specific information.\\
  37 \textbf{bond\_analyze.c}
  38 counts the amount of C atoms that have four Si neighbors.\\
  39 \textbf{bond\_analyze\_script}
  40 performs bond analysis on a large quantity of data.\\
  41 \textbf{search\_bonds.c}
  42 prints out pairs of atoms featuring specific bond properties.\\
  43 \textbf{visual\_atoms.c}
  44 creates a detailed atomic data file.\\
  45 \textbf{visualize}
  46 creates images of atomic configurations.\\
  47 \textbf{parcasconv}
  48 converts \textsc{parcas} output to \textsc{posic} format.\\
  49 \textbf{povconv}
  50 converts \textsc{posic} output to \textsc{parcas/rasmol} format.\\
  51 \textbf{s2xyz.c}
  52 extracts (modified) {\em xyz} data from \textsc{posic} save files.\\
  53 \textbf{ppm2avi}
  54 creates a movie out of atomic configuration images.
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  56 \section[{\normalfont\textsc{vasp}} utilities]{VASP utilities}
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  58 \subsection[Operating {\normalfont\textsc{vasp}}]{Operating VASP}
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  60 \textbf{create\_lattice.c}
  61 creates the lattice in \textsc{vasp} POSCAR format.\\
  62 \textbf{runvasp\_rx200}
  63 executes \textsc{vasp} on the Augsburg Linux Compute Cluster.\\
  64 \textbf{sd\_rot\_all-atoms.patch}
  65 enables selected dynamics in a user-defined basis for every atom.\\
  66 \textbf{mig\_fullct.sh}
  67 calculates a series of configurations within a migration path.
  68
  69 \subsection{Postprocessing utilities}
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  71 \textbf{mig\_calc}
  72 prints out the configurational energies within a migration path.\\
  73 \textbf{e\_coh}
  74 calculates the cohesive energy.\\
  75 \textbf{e\_form\_tersoff}
  76 calculates defect formation energies using SiC as a particle reservoir.\\
  77 \textbf{e\_fc}
  78 calculates the binding energy of a defect pair.\\
  79 \textbf{get\_ks\_levels}
  80 creates the Kohn-Sham level diagram.\\
  81 \textbf{visualize}
  82 creates images of atomic configurations.
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