Merge branch 'leadoff'

Conflicts:
Makefile
moldyn.c
potentials/albe.c
potentials/albe.h
runmd

 ... hopefully fixed! Just a test to merge leadoff back to master! :)

energy updates

some more files

feature to del atoms outside a spherical volume

oups, forgot the basis trafo stuff

final crt fixes (velocity?)

tool to build crude interface for vasp

adjustments concerning crt

introduced crt type 2 (initial diplacement vector for constraints) + write out crt save files

completed crt implementation

added s2xyz tools

started with crt ...

mus out of mu Si and mu SiC (Tersoff way)

some checkins

added acos to angle calc

added avg disp calc tool (dirty)

small fx and new features

added the all stoms crt patch

added angle calc (acos problem still existing)

added sip and dist calc for vasp results

added RELPOS (insert) and TAG (aattr) feature

security checkin: save fullct mig script

sec checkin since accidentally deleted (and recovered!) fir the second time now

interpolating poscar files for neb

check whether transformed selective dynamics are used and change offset

count spins ...

added display of partialy occupied levels in a different color

tool to create POSCAR files for 2nd db configurations

tool to visualize the kohn-sham levels

added fractional output (search bonds) + video{.*} feature (stdvis)

added script to visualize contcar results

pc script adapted to new pc_calc version

pc calc hopefully corrected now

bugfix + should be correct now (go on to do this for viaualize and pc calc too!)

added search bonds file ...

added script to make a video from last xyz files of video dirs

support bonds for more than one atom

check for existing stuff

just to have this stored somewhere ...

stdvis adapted to new visualize script

auto bond feature added

mirror feature + new std vis

patch to enable rotation of the constraints basis (test in progress!)

make stdvis more comfortable to use (at least for me)

script to calculate the energy over the reaction coordinate

save in src dir + app(endix)

added renew feature

added average feature (needs to get extended)

initial positions from outcar to moldyn format

pc script

added a pc calc for ascci files produced by outcar2moldyn ...

added msd calc + 11x constraints as ifdef

total energies printed out too

care for appendices

a more generic trafo tool

added a temp check (still sth is wrong!)

more easy ...

more trafo (still sth is wrong!)

added trafo c code

added offset feature

QUENCH feature (well, or sth like that ...)

no verbose printfs for total v attrr changes

put logs to logs directory + -p for the mkdir commands

init of a and b values

a modified posselt variation + the right one commented

new defaults (+ alternatives) for the Makefile

added trafo file (not working correctly by now) + mods to posca2moldyn script

feature: displacement instead of time

decreased output + parse all OUTCAR* files

feature to fix atoms at x=0 or y=0 or z=0

forgot the lattice constant

convert POSCAr files to moldyn xyz output

fixed attrr region + ifdef'ed constraints along 110 + write final save and visual file!

method 2 working now ...

read in free taom energy ...

added free energies of Si and C for 650 eV cut-off energy

consistent 110 direction

well, sure, just increment each basis by 1 ... (should work now!)

added 3 basis types ... seems to work (checking right after commit :p)

added some helper tools for vasp usage

removed tersoff 1bp function, added PDEBUG define, check per bound with boundary conditions (for diffusion), adapted diffusion calc, modified DEBUG output in albe and tersoff pots, more mods to tersoff pot calc,

added stuff to logfile

added modify atom function (velocity only by now!)

fixed compiler warnings

new todo

new targets

added another diff calc code

create xyz to parcas input

more logging

new logfile

fixed disable p-ctrl feature

also calc quality3

lbe sic params of parcas adapted

adoption of parcas albe sic parameters, dcut of si-i unmodified

fixed fill command

added Posselt formation energy calc

added parcas to moldyn conversion tool (md.movie -> xyz format)

added del_atoms, playing with Ef calc, some more TODO

regular checkin of logfile

implemented sphere insertion