stdvis adapted to new visualize script

auto bond feature added

mirror feature + new std vis

patch to enable rotation of the constraints basis (test in progress!)

make stdvis more comfortable to use (at least for me)

script to calculate the energy over the reaction coordinate

save in src dir + app(endix)

added renew feature

added average feature (needs to get extended)

initial positions from outcar to moldyn format

pc script

added a pc calc for ascci files produced by outcar2moldyn ...

added msd calc + 11x constraints as ifdef

total energies printed out too

care for appendices

a more generic trafo tool

added a temp check (still sth is wrong!)

more easy ...

more trafo (still sth is wrong!)

added trafo c code

added offset feature

QUENCH feature (well, or sth like that ...)

no verbose printfs for total v attrr changes

put logs to logs directory + -p for the mkdir commands

init of a and b values

a modified posselt variation + the right one commented

new defaults (+ alternatives) for the Makefile

added trafo file (not working correctly by now) + mods to posca2moldyn script

feature: displacement instead of time

decreased output + parse all OUTCAR* files

feature to fix atoms at x=0 or y=0 or z=0

forgot the lattice constant

convert POSCAr files to moldyn xyz output

fixed attrr region + ifdef'ed constraints along 110 + write final save and visual file!

method 2 working now ...

read in free taom energy ...

added free energies of Si and C for 650 eV cut-off energy

consistent 110 direction

well, sure, just increment each basis by 1 ... (should work now!)

added 3 basis types ... seems to work (checking right after commit :p)

added some helper tools for vasp usage

removed tersoff 1bp function, added PDEBUG define, check per bound with boundary conditions (for diffusion), adapted diffusion calc, modified DEBUG output in albe and tersoff pots, more mods to tersoff pot calc,

added stuff to logfile

added modify atom function (velocity only by now!)

fixed compiler warnings

new todo

new targets

added another diff calc code

create xyz to parcas input

more logging

new logfile

fixed disable p-ctrl feature

also calc quality3

lbe sic params of parcas adapted

adoption of parcas albe sic parameters, dcut of si-i unmodified

fixed fill command

added Posselt formation energy calc

added parcas to moldyn conversion tool (md.movie -> xyz format)

added del_atoms, playing with Ef calc, some more TODO

regular checkin of logfile

implemented sphere insertion

increased line size (parse config) + zero defect subtype

cleaned partial lattice create + added defect feature, adabted md code +
some minor changes: ask diff! :) - xmas checkin ...

aded visual atoms script ...

security checkin: fixes to lattice stage, px py pz calc (now default!
TAKE CARE) and stuff i forgot ...

added partition support in create_lattice function

PTHREADS printf, made neighbour index thread safe, check of mutex
(un)lock return values

added MATTONI force field (left parameters by now)

virial calc define + default amount threads -> 2

added time font in visualization code

forgot to free the atom mutex

pthredas working now (by partitioning atoms into count/#THREADS blocks)

pthreads implemented (fucking slow!)

new imp of pthread approach

pthreads -> albe fast (beginning)

pthread imp started for orig albe (more easier in the beginning)

io thread needed for visual atom call! changed.

added pthreads (for io only by now) + refresh screen for i count +
longer save file names

added count column to bond_analyze code

visual atoms using moldyn func now, updated TODO, atom_match build by
Makefile

first simple atom match code

todo init

introduced process_neighbours function

optional elment and brand type in fill cmd now

multiple save files to get pc

introduced lowmem lists

fixed static lists + first work on lowmem lists

supply c2, d2, c2/d2

pse handling again

new pse handling

first attempts: parallel, albe_fast. fpu_ctrl. cleaned first j loop.
more ...

new pse handling

added optimization flags + none-module compilation (speedup!)

added interval for anneal stage

added set_temp and set_timestep stages

modified bond analyze + added a script

timestep -> tau

introduced time constant in scaling methods

removed the +

added debug aattr print + initialize nnd for 'none' lattice manually