TODO.txt

   1 interstitial simulations
   2 ************************
   3
   4 -  more DOUBLECHECKs with PARCAS !!!!
   5
   6 implement
   7 *********
   8
   9  - improve ins_m_atoms (merge to general ins_atoms function maybe)
  10
  11    * modified first: try rules to better distribute Si and C    ***
  12    * general cleanup
  13    * type 1 square, type 2 radius!
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  15  - clean up mdrun
  16  - config sanity checks
  17  - introduce/improve fill command (multiple fills)
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  19  - anneal -> from current to T with rate R
  20
  21  - check virial calc, where does the - come from?
  22
  23  - angular distribution
  24  - structurfactoranalyze (see nordlund paper)
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  26  - filled atoms need atom attrib?!?!? or aattr pre prerun
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  28  - bond_analyze to dump xyz file of atoms
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  30  - improve diff calc
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  32  - pthreads:
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  34    * threads nur einmal oeffnen
  35    * verteilung auf laufende threads
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  37  - potentials:
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  39    * tersoff fast                       ***
  40    * modifief tersoff/albe              ***
  41    * stillinger weber                   ***
  42    * eam
  43    * edip
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  45  - optimize code!
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  47    * 6.56
  48    * -> 6.16 (albe_potential_force_calc) unoptimized
  49    * -> 7.05 first variable optimization
  50    * -> 5.53 2nd variable mod (moving out of blocks)
  51    * -> 5.12 source c files (orig albe) /wo float-store (otherwise 9.x)
  52    * -> 5.00 source c, fpu_set() (orig albe)
  53    * -> 5.04 source c, fpu_set() (albe fast) (same w -finline-functions)
  54    * -> 4.55 source c, fpu(), albe orig, fast-math ;)
  55    * -> 4.12 source c, fpu(), albe fast
  56    * -> 4.06 source c, fpu(), albe fast, arch opts
  57    * -> 3.54 ^ + c,d,h,gamma opts
  58    * -> 3.50 ^ + static lists
  59    * -> 3.37 source c, albe f, arch opts, c,d,h,gamma
  60              + lowmem lists (test for bigger + atoms!)
  61    * -> 3.31(36) ^ + inline v_calc
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  63    * -> 4.44 orig albe, lowmem, source c, arch opts
  64
  65    todo:
  66     - listen ! estimate time
  67     - more in fast (also think about -> 'type')
  68     - algo! (though i don't believe!)
  69     - inline
  70     - openmp (num_thread copies of neighbour_i)
  71       + pthreads (simultaneously!)
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  73 simulation runs
  74 ***************
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  76 - cryst simulations: reasonable pctrl?
  77 - even higher temperatures
  78 - tctrl only in outer regions
  79 - only 1 atom per timestep
  80 - EXTENDED C-C cutoff
  81 - different sized SiC prec in Si (4:5! diff temperatures)       ***
  82 - melting exps (both, anneal + interface method)
  83 - interstitials:
  84   - more interstitial combinations
  85   - characterize interstitials by PCF, then inc temperature
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  87 learn
  88 *****
  89
  90 - ab initio / dft itself (find good docs)
  91 - checkout abinit in the same time
  92 - checkout thight binding
  93 - of course md theory!
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  95 write
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  98 - results >> thesis!
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