moldyn.h

   1 /*
   2  * moldyn.h - molecular dynamics library header file
   3  *
   4  * author: Frank Zirkelbach <frank.zirkelbach@physik.uni-augsburg.de>
   5  *
   6  */
   7
   8 #ifndef MOLDYN_H
   9 #define MOLDYN_H
  10
  11 #include "math/math.h"
  12 #include "random/random.h"
  13 #include "list/list.h"
  14
  15 /*
  16  *
  17  * datatypes
  18  *
  19  */
  20
  21 /* general */
  22 typedef unsigned char u8;
  23
  24 /* virial */
  25 typedef struct s_virial {
  26         double xx;      /*                      | xx     xy     xz |    */
  27         double yy;      /*      V       =       | yx     yy     yz |    */
  28         double zz;      /*                      | zx     zy     zz |    */
  29         double xy;      /*                                              */
  30         double xz;      /*      with:   xy=yx, xz=zx, yz=zy             */
  31         double yz;      /*                                              */
  32 } t_virial;
  33
  34 /* the atom of the md simulation */
  35 typedef struct s_atom {
  36         t_3dvec r_0;            /* initial position */
  37         t_3dvec r;              /* position */
  38         t_3dvec v;              /* velocity */
  39         t_3dvec f;              /* force */
  40         t_virial virial;        /* virial */
  41         double e;               /* site energy */
  42         double ekin;            /* kinetic energy */
  43         int element;            /* number of element in pse */
  44         double mass;            /* atom mass */
  45         u8 brand;               /* brand id */
  46         int tag;                /* atom unique id (number of atom) */
  47         u8 attr;                /* attributes */
  48 } t_atom;
  49
  50 #define ATOM_ATTR_FP    0x01    /* fixed position (bulk material) */
  51 #define ATOM_ATTR_HB    0x02    /* coupled to heat bath (velocity scaling) */
  52 #define ATOM_ATTR_VA    0x04    /* visualize this atom */ // TODO
  53 #define ATOM_ATTR_VB    0x08    /* visualize the bond of this atom */
  54
  55 #define ATOM_ATTR_1BP   0x10    /* single paricle potential */
  56 #define ATOM_ATTR_2BP   0x20    /* pair potential */
  57 #define ATOM_ATTR_3BP   0x40    /* 3 body potential */
  58
  59 #define DEFAULT_ATOM_ATTR       0x74    // 1,2,3 body interaction + visualize
  60
  61 /* special list structure for low mem approach */
  62 typedef struct s_lowmem_list {
  63         int *head;
  64         int *list;
  65 } t_lowmem_list;
  66
  67 /* cell lists */
  68 typedef struct s_linkcell {
  69         int nx,ny,nz;           /* amount of cells in x, y and z direction */
  70         int cells;              /* total amount of cells */
  71         double len;             /* prefered cell edge length */
  72         double x,y,z;           /* the actual cell lengthes */
  73 #ifdef STATIC_LISTS
  74         int **subcell;          /* pointer to the cell lists */
  75 #elif LOWMEM_LISTS
  76         t_lowmem_list *subcell; /* low mem approach list */
  77 #else
  78         t_list *subcell;        /* pointer to the cell lists */
  79 #endif
  80         int dnlc;               /* direct neighbour lists counter */
  81 } t_linkcell;
  82
  83 #define MAX_ATOMS_PER_LIST      20
  84
  85 /* moldyn schedule structure */
  86 typedef struct s_moldyn_schedule {
  87         int count;
  88         int total_sched;
  89         int *runs;
  90         double *tau;
  91         int (*hook)(void *moldyn,void *hook_params);
  92         void *hook_params;
  93 } t_moldyn_schedule;
  94
  95 /* visualization structure */
  96 typedef struct s_visual {
  97         int fd;                 /* rasmol script file descriptor */
  98         char fb[128];           /* basename of the save files */
  99         t_3dvec dim;            /* dimensions of the simulation cell */
 100 } t_visual;
 101
 102 /* moldyn main structure */
 103 typedef struct s_moldyn {
 104         int argc;               /* number of arguments */
 105         char **args;            /* pointer to arguments */
 106
 107         int count;              /* total amount of atoms */
 108         double mass;            /* total system mass */
 109         t_atom *atom;           /* pointer to the atoms */
 110
 111         t_3dvec dim;            /* dimensions of the simulation volume */
 112         double volume;          /* volume of sim cell (dim.x*dim.y*dim.z) */
 113
 114         /* potential force function and parameter pointers */
 115         int (*func1b)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai);
 116         int (*func2b)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
 117         int (*func3b_j1)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
 118         int (*func3b_j2)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
 119         int (*func3b_j3)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
 120 #ifdef PTHREADS
 121         void *(*func3b_k1)(void *ptr);
 122 #else
 123         int (*func3b_k1)(struct s_moldyn *moldyn,
 124                          t_atom *ai,t_atom *aj,t_atom *ak,u8 bck);
 125 #endif
 126         int (*func3b_k2)(struct s_moldyn *moldyn,
 127                          t_atom *ai,t_atom *aj,t_atom *ak,u8 bck);
 128         void *pot_params;
 129         unsigned char run3bp;
 130
 131         double cutoff;          /* cutoff radius */
 132         double cutoff_square;   /* square of the cutoff radius */
 133         double nnd;             /* nearest neighbour distance (optional) */
 134
 135         t_linkcell lc;          /* linked cell list interface */
 136
 137         int avg_skip;           /* amount of steps without average calc */
 138
 139         double t_ref;           /* reference temperature */
 140         double t;               /* actual temperature */
 141         double t_sum;           /* sum over all t */
 142         double t_avg;           /* average value of t */
 143
 144         t_virial gvir;          /* global virial (absolute coordinates) */
 145         double gv;
 146         double gv_sum;
 147         double gv_avg;
 148
 149         double gp;              /* pressure computed from global virial */
 150         double gp_sum;          /* sum over all gp */
 151         double gp_avg;          /* average value of gp */
 152
 153         t_virial vir;           /* actual virial */
 154         double virial;
 155         double virial_sum;      /* sum over all calculated virials */
 156         double virial_avg;      /* average of virial */
 157
 158         double p_ref;           /* reference pressure */
 159         double p;               /* actual pressure (computed by virial) */
 160         double px,py,pz;        /* components of pressure */
 161         double p_sum;           /* sum over all p */
 162         double p_avg;           /* average value of p */
 163
 164         double tp;              /* thermodynamic pressure dU/dV */
 165         double tp_sum;          /* sum over dU/dV pressure */
 166         double tp_avg;          /* average value of dU/dV pressure */
 167         int tp_cnt;             /* how often to do thermodynamic p calc */
 168
 169         /* pressure and temperature control (velocity/volume scaling) */
 170         /* (t_tc in units of tau, p_tc in units of tau * isoth. compressib.) */
 171         unsigned char pt_scale; /* type of p and t scaling */
 172         double t_tc;            /* t berendsen control time constant */
 173         double p_tc;            /* p berendsen control time constant */
 174
 175         /* simulation schedule */
 176         t_moldyn_schedule schedule;
 177         int current;            /* current position in schedule */
 178
 179         /* integration function pointer */
 180         int (*integrate)(struct s_moldyn *moldyn);
 181         int time_steps;         /* amount of iterations */
 182         double tau;             /* delta t */
 183         double time;            /* absolute time */
 184         double tau_square;      /* delta t squared */
 185         int total_steps;        /* total steps */
 186
 187         /* energy */
 188         double energy;          /* potential energy */
 189         double ekin;            /* kinetic energy */
 190
 191         /* energy averages & fluctuations */
 192         double k_sum;           /* sum of kinetic energy */
 193         double v_sum;           /* sum of potential energy */
 194         double k_avg;           /* average of kinetic energy */
 195         double v_avg;           /* average of potential energy */
 196         double k2_sum;          /* sum of kinetic energy squared */
 197         double v2_sum;          /* sum of potential energy squared */
 198         double k2_avg;          /* average of kinetic energy squared */
 199         double v2_avg;          /* average of potential energy squared */
 200         double dk2_avg;         /* mean square kinetic energy fluctuations */
 201         double dv2_avg;         /* mean square potential energy fluctuations */
 202
 203         /* response functions */
 204         double c_v_nve;         /* constant volume heat capacity (nve) */
 205         double c_v_nvt;         /* constant volume heat capacity (nvt) */
 206
 207         char vlsdir[128];       /* visualization/log/save directory */
 208         t_visual vis;           /* visualization interface structure */
 209         u8 vlsprop;             /* log/vis/save properties */
 210         unsigned int ewrite;    /* how often to log energy */
 211         int efd;                /* fd for energy log */
 212         unsigned int mwrite;    /* how often to log momentum */
 213         int mfd;                /* fd for momentum log */
 214         unsigned int pwrite;    /* how often to log pressure */
 215         int pfd;                /* fd for pressure log */
 216         unsigned int twrite;    /* how often to log temperature */
 217         int tfd;                /* fd for temperature log */
 218         unsigned int vwrite;    /* how often to log volume */
 219         int vfd;                /* fd for volume log */
 220         unsigned int awrite;    /* how often to visualize atom information */
 221         unsigned int swrite;    /* how often to create a save file */
 222         int rfd;                /* report file descriptor */
 223         char rtitle[64];        /* report title */
 224         char rauthor[64];       /* report author */
 225         int epfd;               /* energy gnuplot script file descriptor */
 226         int ppfd;               /* pressure gnuplot script file descriptor */
 227         int tpfd;               /* temperature gnuplot script file descriptor */
 228
 229         u8 status;              /* general moldyn properties */
 230
 231         t_random random;        /* random interface */
 232
 233         double debug;           /* debugging stuff, ignore */
 234
 235         /* potential 2 body check function */
 236         int (*check_2b_bond)(struct s_moldyn *moldyn,
 237                              t_atom *itom,t_atom *jtom,u8 bc);
 238 } t_moldyn;
 239
 240 typedef struct s_pcc {
 241         int o1;
 242         int o2;
 243         double dr;
 244         double *stat;
 245 } t_pcc;
 246
 247 typedef struct s_ba {
 248         int *acnt;
 249         int *bcnt;
 250         int tcnt;
 251 } t_ba;
 252
 253 typedef struct s_vb {
 254         int fd;
 255 } t_vb;
 256
 257 /*
 258  *
 259  *  defines
 260  *
 261  */
 262
 263 #define MOLDYN_STAT_PBX                 0x01    /* periodic boudaries in x */
 264 #define MOLDYN_STAT_PBY                 0x02    /* y */
 265 #define MOLDYN_STAT_PBZ                 0x04    /* and z direction */
 266
 267 #define MOLDYN_PSCALE                   0x08    /* size controlled by piston */
 268
 269 #define MOLDYN_1BP                      0x10    /* care about single */
 270 #define MOLDYN_2BP                      0x20    /* 2 body */
 271 #define MOLDYN_3BP                      0x40    /* and 3 body particle pots */
 272
 273 #define T_SCALE_NONE                    0x00
 274 #define T_SCALE_BERENDSEN               0x01    /* berendsen t control */
 275 #define T_SCALE_DIRECT                  0x02    /* direct t control */
 276 #define T_SCALE_MASK                    0x03
 277
 278 #define P_SCALE_NONE                    0x00
 279 #define P_SCALE_BERENDSEN               0x04    /* berendsen p control */
 280 #define P_SCALE_DIRECT                  0x08    /* direct p control */
 281 #define P_SCALE_MASK                    0x0c
 282
 283 /*
 284  * default values & units
 285  *
 286  * - length unit: 1 A (1 A = 1e-10 m)
 287  * - time unit: 1 fs (1 fs = 1e-15 s)
 288  * - mass unit: 1 amu (1 amu = 1.6605388628e-27 kg )
 289  *
 290  * fyi: in the following 1 N = (amu*A)/(fs*fs)
 291  *
 292  */
 293
 294 #define METER                           1e10                    /* A */
 295 #define SECOND                          1e15                    /* fs */
 296 #define AMU                             1.6605388628e-27        /* kg */
 297 #define KILOGRAM                        (1.0/AMU)               /* amu */
 298 #define NEWTON  (METER*KILOGRAM/(SECOND*SECOND))        /* A amu / fs^2 */
 299 #define PASCAL  (NEWTON/(METER*METER))                  /* N / A^2 */
 300 #define GPA     (1e9*PASCAL)                            /* N / A^2 */
 301 #define BAR     ((1.0e5*PASCAL))                        /* N / A^2 */
 302 #define K_BOLTZMANN     (1.380650524e-23*METER*NEWTON)  /* NA/K */
 303 #define K_B2            (K_BOLTZMANN*K_BOLTZMANN)       /* (NA)^2/K^2 */
 304 #define EV              (1.6021765314e-19*METER*NEWTON) /* NA */
 305 #define JOULE           (NEWTON*METER)                  /* NA */
 306
 307 #define MOLDYN_TEMP                     273.0
 308 #define MOLDYN_TAU                      1.0
 309 #define MOLDYN_CUTOFF                   10.0
 310 #define MOLDYN_RUNS                     1000000
 311
 312 #define MOLDYN_INTEGRATE_VERLET         0x00
 313 #define MOLDYN_INTEGRATE_DEFAULT        MOLDYN_INTEGRATE_VERLET
 314
 315 #define MOLDYN_POTENTIAL_HO             0x00
 316 #define MOLDYN_POTENTIAL_LJ             0x01
 317 #define MOLDYN_POTENTIAL_TM             0x02
 318 #define MOLDYN_POTENTIAL_AM             0x03
 319
 320 #define LOG_TOTAL_ENERGY                0x01
 321 #define LOG_TOTAL_MOMENTUM              0x02
 322 #define LOG_PRESSURE                    0x04
 323 #define LOG_TEMPERATURE                 0x08
 324 #define LOG_VOLUME                      0x10
 325 #define SAVE_STEP                       0x20
 326 #define VISUAL_STEP                     0x40
 327 #define CREATE_REPORT                   0x80
 328
 329 #define TRUE                            1
 330 #define FALSE                           0
 331
 332 #define VERBOSE                         1
 333 #define QUIET                           0
 334
 335 #define SCALE_UP                        'u'
 336 #define SCALE_DOWN                      'd'
 337 #define SCALE_DIRECT                    'D'
 338
 339 /*
 340  * usefull constants
 341  */
 342
 343 #define ONE_THIRD               (1.0/3.0)
 344
 345 /*
 346  * element specific defines
 347  */
 348
 349 #define C                       0x06
 350 #define LC_C                    3.567                           /* A */
 351 #define M_C                     12.011                          /* amu */
 352
 353 #define SI                      0x0e
 354 #define LC_SI                   5.43105                         /* A */
 355 #define M_SI                    28.08553                        /* amu */
 356
 357 #define LC_3C_SIC               4.3596                          /* A */
 358
 359 /*
 360  * lattice types
 361  */
 362
 363 #define CUBIC                   0x01
 364 #define FCC                     0x02
 365 #define DIAMOND                 0x04
 366 #define ZINCBLENDE              0x08
 367 #define NONE                    0x80
 368
 369 /*
 370  * more includes
 371  */
 372
 373 //#include "pse.h"
 374
 375 /*
 376  *
 377  * function prototypes
 378  *
 379  */
 380
 381 int moldyn_init(t_moldyn *moldyn,int argc,char **argv);
 382 int moldyn_shutdown(t_moldyn *moldyn);
 383
 384 int set_int_alg(t_moldyn *moldyn,u8 algo);
 385 int set_cutoff(t_moldyn *moldyn,double cutoff);
 386 int set_temperature(t_moldyn *moldyn,double t_ref);
 387 int set_pressure(t_moldyn *moldyn,double p_ref);
 388 int set_p_scale(t_moldyn *moldyn,u8 ptype,double ptc);
 389 int set_t_scale(t_moldyn *moldyn,u8 ttype,double ttc);
 390 int set_pt_scale(t_moldyn *moldyn,u8 ptype,double ptc,u8 ttype,double ttc);
 391 int set_dim(t_moldyn *moldyn,double x,double y,double z,u8 visualize);
 392 int set_nn_dist(t_moldyn *moldyn,double dist);
 393 int set_pbc(t_moldyn *moldyn,u8 x,u8 y,u8 z);
 394 int set_potential(t_moldyn *moldyn,u8 type);
 395
 396 int set_avg_skip(t_moldyn *moldyn,int skip);
 397
 398 int moldyn_set_log_dir(t_moldyn *moldyn,char *dir);
 399 int moldyn_set_report(t_moldyn *moldyn,char *author,char *title);
 400 int moldyn_set_log(t_moldyn *moldyn,u8 type,int timer);
 401 int moldyn_log_shutdown(t_moldyn *moldyn);
 402
 403 int create_lattice(t_moldyn *moldyn,u8 type,double lc,int element,double mass,
 404                    u8 attr,u8 brand,int a,int b,int c,t_3dvec *origin);
 405 int add_atom(t_moldyn *moldyn,int element,double mass,u8 brand,u8 attr,
 406              t_3dvec *r,t_3dvec *v);
 407 int del_atom(t_moldyn *moldyn,int tag);
 408 int cubic_init(int a,int b,int c,double lc,t_atom *atom,t_3dvec *origin);
 409 int fcc_init(int a,int b,int c,double lc,t_atom *atom,t_3dvec *origin);
 410 int diamond_init(int a,int b,int c,double lc,t_atom *atom,t_3dvec *origin);
 411 int destroy_atoms(t_moldyn *moldyn);
 412
 413 int thermal_init(t_moldyn *moldyn,u8 equi_init);
 414 double total_mass_calc(t_moldyn *moldyn);
 415 double temperature_calc(t_moldyn *moldyn);
 416 double get_temperature(t_moldyn *moldyn);
 417 int scale_velocity(t_moldyn *moldyn,u8 equi_init);
 418 double virial_sum(t_moldyn *moldyn);
 419 double pressure_calc(t_moldyn *moldyn);
 420 int average_reset(t_moldyn *moldyn);
 421 int average_and_fluctuation_calc(t_moldyn *moldyn);
 422 int get_heat_capacity(t_moldyn *moldyn);
 423 double thermodynamic_pressure_calc(t_moldyn *moldyn);
 424 double get_pressure(t_moldyn *moldyn);
 425 int scale_volume(t_moldyn *moldyn);
 426 int scale_dim(t_moldyn *moldyn,u8 dir,double scale,u8 x,u8 y,u8 z);
 427 int scale_atoms(t_moldyn *moldyn,u8 dir,double scale,u8 x,u8 y,u8 z);
 428
 429 double e_kin_calc(t_moldyn *moldyn);
 430 double get_total_energy(t_moldyn *moldyn);
 431 t_3dvec get_total_p(t_moldyn *moldyn);
 432
 433 double estimate_time_step(t_moldyn *moldyn,double nn_dist);
 434
 435 int link_cell_init(t_moldyn *moldyn,u8 vol);
 436 int link_cell_update(t_moldyn *moldyn);
 437 #ifdef STATIC_LISTS
 438 int link_cell_neighbour_index(t_moldyn *moldyn,int i,int j,int k,int **cell);
 439 #elif LOWMEM_LISTS
 440 int link_cell_neighbour_index(t_moldyn *moldyn,int i,int j,int k,int *cell);
 441 #else
 442 int link_cell_neighbour_index(t_moldyn *moldyn,int i,int j,int k,t_list *cell);
 443 #endif
 444 int link_cell_shutdown(t_moldyn *moldyn);
 445
 446 typedef int (*set_hook)(void *,void *);
 447
 448 int moldyn_add_schedule(t_moldyn *moldyn,int runs,double tau);
 449 int moldyn_set_schedule_hook(t_moldyn *moldyn,set_hook hook,void *hook_params);
 450
 451 int moldyn_integrate(t_moldyn *moldyn);
 452 int velocity_verlet(t_moldyn *moldyn);
 453
 454 int potential_force_calc(t_moldyn *moldyn);
 455 int virial_calc(t_atom *a,t_3dvec *f,t_3dvec *d);
 456 //inline int virial_calc(t_atom *a,t_3dvec *f,t_3dvec *d)
 457 //      __attribute__((always_inline));
 458 int check_per_bound(t_moldyn *moldyn,t_3dvec *a);
 459 //inline int check_per_bound(t_moldyn *moldyn,t_3dvec *a)
 460 //      __attribute__((always_inline));
 461
 462 int moldyn_bc_check(t_moldyn *moldyn);
 463
 464 int moldyn_read_save_file(t_moldyn *moldyn,char *file);
 465 int moldyn_free_save_file(t_moldyn *moldyn);
 466 int moldyn_load(t_moldyn *moldyn);
 467 int process_2b_bonds(t_moldyn *moldyn,void *data,
 468                      int (*process)(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,t_atom *jtom,
 469                                     void *data,u8 bc));
 470 int process_neighbours(t_moldyn *moldyn,void *data,t_atom *atom,
 471                        int (*process)(t_moldyn *moldyn,t_atom *atom,t_atom *natom,
 472                                       void *data,u8 bc));
 473
 474 int get_line(int fd,char *line,int max);
 475
 476 int pair_correlation_init(t_moldyn *moldyn,double dr);
 477 int calculate_diffusion_coefficient(t_moldyn *moldyn,double *dc);
 478 int calculate_pair_correlation_process(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,
 479                                        t_atom *jtom,void *data,u8 bc);
 480 int calculate_pair_correlation(t_moldyn *moldyn,double dr,void *ptr);
 481 int bond_analyze_process(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,t_atom *jtom,
 482                          void *data,u8 bc);
 483 int bond_analyze(t_moldyn *moldyn,double *quality);
 484
 485 int visual_init(t_moldyn *moldyn,char *filebase);
 486 int visual_bonds_process(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,t_atom *jtom,
 487                          void *data,u8 bc);
 488 #ifdef PTHREADS
 489 void *visual_atoms(void *ptr);
 490 #else
 491 int visual_atoms(t_moldyn *moldyn);
 492 #endif
 493
 494 int fpu_set_rtd(void);
 495
 496 #endif
 497