vasp_tools/constraint_mig_script

   1 #!/bin/bash
   2
   3 # migration
   4
   5 fx=0.1667178996794456
   6 fy=0.1667178996794456
   7 fz=0.0655951877086257
   8
   9 ((steps=20))
  10 ((count=0))
  11
  12 while [ $count -lt $steps ]; do
  13
  14         cnt=`printf "%02d" $count`
  15
  16         echo
  17         echo
  18         echo "run simulation $cnt ..."
  19         [ $count != 0 ] &&
  20                 echo "  c atom at: `sed -n 226p CONTCAR`"
  21         echo
  22         echo
  23         ../vasp.4.6-gamma-ct/vasp
  24
  25         cp POSCAR POSCAR.${cnt}
  26         cp CONTCAR CONTCAR.${cnt}
  27         cp OUTCAR OUTCAR.${cnt}
  28
  29         ltm="`sed -n 226p CONTCAR`"
  30         val1=`echo $ltm | awk '{ print $1 }'`
  31         val2=`echo $ltm | awk '{ print $2 }'`
  32         val3=`echo $ltm | awk '{ print $3 }'`
  33         val4=`echo $ltm | awk '{ print $4 }'`
  34         val5=`echo $ltm | awk '{ print $5 }'`
  35         val6=`echo $ltm | awk '{ print $6 }'`
  36
  37         ((rest=steps-count))
  38
  39         nx=`echo $val1 $fx $rest | awk '{ print $1+($2-$1)/$3 }'`
  40         ny=`echo $val2 $fy $rest | awk '{ print $1+($2-$1)/$3 }'`
  41         nz=`echo $val3 $fz $rest | awk '{ print $1+($2-$1)/$3 }'`
  42
  43         sed "s%$ltm%  $nx $ny $nz $val4 $val5 $val6%" CONTCAR > POSCAR
  44
  45         echo
  46         echo "simulation $cnt end"
  47         echo "  c atom now at: `sed -n 226p CONTCAR`"
  48         echo "  dis x: `echo $val1 $fx $rest | awk '{ print ($2-$1)/$3 }'`"
  49         echo "  dis y: `echo $val2 $fy $rest | awk '{ print ($2-$1)/$3 }'`"
  50         echo "  dis z: `echo $val3 $fz $rest | awk '{ print ($2-$1)/$3 }'`"
  51         echo
  52
  53         newline="`echo $val1 $fx $val2 $fy $val3 $fz | awk '\
  54         BEGIN {
  55                 zrot=0; xrot=0; xyd=0; x=0; y=0; z=0;
  56         }
  57         {
  58                 x=$2-$1; y=$4-$3; z=$6-$5;
  59                 zrot=180.0*atan2(x,y)/3.14159265;
  60                 xyd=sqrt(x^2+y^2);
  61                 xrot=-180.0*atan2(z,xyd)/3.14159265;
  62                 print zrot " " xrot
  63         }'`"
  64
  65         ltm="`sed -n 8p POSCAR`"
  66         echo "info:"
  67         echo "$ltm"
  68         echo "->"
  69         echo "$newline"
  70         sed -i "s%$ltm%$newline%" POSCAR
  71
  72         ((count+=1))
  73 done
  74