vasp_tools/dist_calc

   1 #!/bin/bash
   2
   3 file=$1
   4 atom=$2
   5 btom=$3
   6
   7 scale=`sed -n 2p $1`
   8
   9 X1=`sed -n 3p $file | awk '{ print $1 }'`
  10 X2=`sed -n 3p $file | awk '{ print $2 }'`
  11 X3=`sed -n 3p $file | awk '{ print $3 }'`
  12
  13 Y1=`sed -n 4p $file | awk '{ print $1 }'`
  14 Y2=`sed -n 4p $file | awk '{ print $2 }'`
  15 Y3=`sed -n 4p $file | awk '{ print $3 }'`
  16
  17 Z1=`sed -n 5p $file | awk '{ print $1 }'`
  18 Z2=`sed -n 5p $file | awk '{ print $2 }'`
  19 Z3=`sed -n 5p $file | awk '{ print $3 }'`
  20
  21 export X1 X2 X3
  22 export Y1 Y2 Y3
  23 export Z1 Z2 Z3
  24
  25 ((offset=8))
  26
  27 echo "scale: $scale"
  28 echo "X: $X1 $X2 $X3"
  29 echo "Y: $Y1 $Y2 $Y3"
  30 echo "Z: $Z1 $Z2 $Z3"
  31 echo
  32
  33 ((line1=atom+offset))
  34 ((line2=btom+offset))
  35
  36 temp="`sed -n ${line1}p $1`"
  37 xa=`echo $temp | awk '{ print $1 }'`
  38 ya=`echo $temp | awk '{ print $2 }'`
  39 za=`echo $temp | awk '{ print $3 }'`
  40
  41 echo "atom 1:"
  42 echo $temp
  43
  44 temp="`sed -n ${line2}p $1`"
  45 xb=`echo $temp | awk '{ print $1 }'`
  46 yb=`echo $temp | awk '{ print $2 }'`
  47 zb=`echo $temp | awk '{ print $3 }'`
  48
  49 echo "atom 2:"
  50 echo $temp
  51
  52 echo -en "distance: "
  53 echo "$xa $ya $za $xb $yb $zb $scale" | \
  54         awk ' \
  55         BEGIN {
  56                 X1=ENVIRON["X1"]; X2=ENVIRON["X2"]; X3=ENVIRON["X3"]
  57                 Y1=ENVIRON["Y1"]; Y2=ENVIRON["Y2"]; Y3=ENVIRON["Y3"]
  58                 Z1=ENVIRON["Z1"]; Z2=ENVIRON["Z2"]; Z3=ENVIRON["Z3"]
  59         }
  60         {
  61                 X=sqrt(X1^2+X2^2+X3^2)
  62                 Y=sqrt(Y1^2+Y2^2+Y3^2)
  63                 Z=sqrt(Z1^2+Z2^2+Z3^2)
  64                 dx=$1-$4
  65                 dy=$2-$5
  66                 dz=$3-$6
  67                 if(dx>1/2)
  68                         dx-=1
  69                 if(dx<-1/2)
  70                         dx+=1
  71                 if(dy>1/2)
  72                         dy-=1
  73                 if(dy<-1/2)
  74                         dy+=1
  75                 if(dz>1/2)
  76                         dz-=1
  77                 if(dz<-1/2)
  78                         dz+=1
  79                 dxt=dx*X1+dy*Y1+dz*Z1
  80                 dyt=dx*X2+dy*Y2+dz*Z2
  81                 dzt=dx*X3+dy*Y3+dz*Z3
  82                 dist=sqrt(dxt^2+dyt^2+dzt^2)
  83                 dist*=$7
  84                 print dist
  85         }'
  86
  87 echo
  88