vasp_tools/interPOS

   1 #!/bin/bash
   2
   3 ((offset=8))
   4
   5 images=4
   6 [ ! -z $1 ] && images=$1
   7
   8 echo "doing interpolation for $images images"
   9
  10 start=0
  11 ((fin=images+1))
  12
  13 nsi=`sed -n 6p 00/POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  14 nc=`sed -n 6p 00/POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  15 ((tot=nsi+nc))
  16
  17 echo "$tot atoms found"
  18
  19 x1=`sed -n 3p 00/POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  20 x2=`sed -n 3p 00/POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  21 x3=`sed -n 3p 00/POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  22
  23 y1=`sed -n 4p 00/POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  24 y2=`sed -n 4p 00/POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  25 y3=`sed -n 4p 00/POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  26
  27 z1=`sed -n 5p 00/POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  28 z2=`sed -n 5p 00/POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  29 z3=`sed -n 5p 00/POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  30
  31 # final
  32
  33 dir=`printf "%02d" $fin`
  34
  35 X1=`sed -n 3p $dir/POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  36 X2=`sed -n 3p $dir/POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  37 X3=`sed -n 3p $dir/POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  38
  39 Y1=`sed -n 4p $dir/POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  40 Y2=`sed -n 4p $dir/POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  41 Y3=`sed -n 4p $dir/POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  42
  43 Z1=`sed -n 5p $dir/POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  44 Z2=`sed -n 5p $dir/POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  45 Z3=`sed -n 5p $dir/POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  46
  47 fdir=$dir
  48
  49 ((cnt=1))
  50 while [ $cnt -lt $fin ]; do
  51         dir=`printf "%02d" $cnt`
  52         if [ ! -d $dir ]; then
  53                 echo "creating dir $dir ..."
  54                 mkdir $dir
  55         fi
  56         sed -n 1p 00/POSCAR > $dir/POSCAR
  57         sed -n 2p 00/POSCAR >> $dir/POSCAR
  58         echo $x1 $X1 $x2 $X2 $x3 $X3 $cnt $fin| awk '{
  59                 ratio=$7/$8
  60                 print "  " $1+($2-$1)*ratio " " $3+($4-$3)*ratio " " $5+($6-$5)*ratio
  61         }' >> $dir/POSCAR
  62         echo $y1 $Y1 $y2 $Y2 $y3 $Y3 $cnt $fin| awk '{
  63                 ratio=$7/$8
  64                 print "  " $1+($2-$1)*ratio " " $3+($4-$3)*ratio " " $5+($6-$5)*ratio
  65         }' >> $dir/POSCAR
  66         echo $z1 $Z1 $z2 $Z2 $z3 $Z3 $cnt $fin| awk '{
  67                 ratio=$7/$8
  68                 print "  " $1+($2-$1)*ratio " " $3+($4-$3)*ratio " " $5+($6-$5)*ratio
  69         }' >> $dir/POSCAR
  70         sed -n 6p 00/POSCAR >> $dir/POSCAR
  71         sed -n 7p 00/POSCAR >> $dir/POSCAR
  72         sed -n 8p 00/POSCAR >> $dir/POSCAR
  73         ((cnt+=1))
  74 done
  75
  76 ((acnt=1))
  77
  78 while [ $acnt -le $tot ]; do
  79         ((cnt=1))
  80         ((ltg=acnt+offset))
  81         x=`sed -n ${ltg}p 00/POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  82         X=`sed -n ${ltg}p $fdir/POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  83         y=`sed -n ${ltg}p 00/POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  84         Y=`sed -n ${ltg}p $fdir/POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  85         z=`sed -n ${ltg}p 00/POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  86         Z=`sed -n ${ltg}p $fdir/POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  87         while [ $cnt -lt $fin ]; do
  88                 dir=`printf "%02d" $cnt`
  89                 echo $x $X $y $Y $z $Z $cnt $fin| awk '{
  90                         ratio=$7/$8
  91                         print "  " $1+($2-$1)*ratio " " $3+($4-$3)*ratio " " $5+($6-$5)*ratio " T T T"
  92                 }' >> $dir/POSCAR
  93                 ((cnt+=1))
  94         done
  95         ((acnt+=1))
  96 done
  97