vasp_tools/mig_calc

   1 #!/bin/bash
   2
   3 if [ ! -d $1 ] ; then
   4         echo "no valid dir"
   5         exit
   6 fi
   7
   8 last=""
   9 rc=0.0
  10
  11 for i in $1/OUTCAR.*; do
  12         index=`echo $i | awk -F. '{ print $2 }'`
  13         if [ ! -f $1/CONTCAR.${index} ] ; then
  14                 echo "no such file: CONTCAR.${index}"
  15                 exit
  16         else
  17                 cfile=$1/CONTCAR.${index}
  18         fi
  19         if [ -z $last ]; then
  20                 last=$cfile
  21                 lst=$index
  22         fi
  23
  24         acnt=`sed -n 6p $cfile | awk '{ print $1 }'`
  25         ((acnt+=9))
  26         ((lcnt=9))
  27
  28         while [ $lcnt -le $acnt ]; do
  29                 line="`sed -n ${lcnt}p $cfile`"
  30                 x1=`echo $line | awk '{ print $1 }'`
  31                 x2=`echo $line | awk '{ print $2 }'`
  32                 x3=`echo $line | awk '{ print $3 }'`
  33                 line="`sed -n ${lcnt}p $last`"
  34                 y1=`echo $line | awk '{ print $1 }'`
  35                 y2=`echo $line | awk '{ print $2 }'`
  36                 y3=`echo $line | awk '{ print $3 }'`
  37                 rc=`echo $rc $x1 $x2 $x3 $y1 $y2 $y3 |\
  38                         awk '{ print $1+sqrt(($2-$5)^2+($3-$6)^2+($4-$7)^2) }'`
  39                 ((lcnt+=1))
  40         done
  41
  42         energy=`./e_coh $i | grep Si\ and\ C | awk '{ print $8 }'`
  43
  44         echo "$rc $energy"
  45
  46         last=$cfile
  47         lst=$index
  48 done