vasp_tools/pc_script

   1 #!/bin/bash
   2
   3 if [ ! -d $1 ]; then
   4         echo "not a valid directory ..."
   5         exit
   6 fi
   7
   8 app=""
   9 if [ ! -z $2 ]; then
  10         app=".${2}"
  11 fi
  12
  13 if [ ! -f $1/OUTCAR${app} ]; then
  14         echo "no vasp data found in $1 ..."
  15         exit
  16 fi
  17
  18 if [ ! -d $1/video${app} ]; then
  19         echo "no video directory found ..."
  20         echo "forgot to run outcar2moldyn?"
  21         exit
  22 fi
  23
  24 echo
  25 echo "WARNING !!!!"
  26 echo "-> reading in sx sy and sz is not correct ..."
  27 echo "WARNING !!!!"
  28 echo
  29
  30 line=`sed -n -e '/length of/,/FORCES/p' $1/OUTCAR${app} | \
  31         grep ^\ \ \  | tail -1`
  32
  33 sx=`echo $line | awk '{ print $1 }'`
  34 sy=`echo $line | awk '{ print $2 }'`
  35 sz=`echo $line | awk '{ print $3 }'`
  36
  37 if [ -z $2 ] ; then
  38         files=`ls $1/video/atomic_conf*.xyz | tail -1`
  39 else
  40         files=`ls $1/video${app}/atomic_conf*.xyz`
  41 fi
  42
  43 echo "running on $files using $sx $sy $sz ..."
  44
  45 #./pc_calc $sx $sy $sz $files
  46 ./pc_calc $sx $sy $sz $files | grep ^pc | \
  47         awk '{ print $2 " " $3 " " $4 " "$5 }' > $1/pc${app}.txt
  48
  49 echo "done"
  50