vasp_tools/poscar2moldyn

   1 #!/bin/bash
   2
   3 mkdir -p video
   4
   5 echo "parsing POSCAR file ..."
   6
   7 sicnt=`sed -n 6p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
   8 ccnt=`sed -n 6p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
   9
  10 lc=`sed -n 2p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  11
  12 x1=`sed -n 3p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  13 x2=`sed -n 3p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  14 x3=`sed -n 3p POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  15
  16 y1=`sed -n 4p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  17 y2=`sed -n 4p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  18 y3=`sed -n 4p POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  19
  20 z1=`sed -n 5p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  21 z2=`sed -n 5p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  22 z3=`sed -n 5p POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  23
  24 ((total=sicnt+ccnt))
  25
  26 echo "  Si: $sicnt, C: $ccnt, total: $total"
  27 echo "  Lattice constant: $lc A"
  28 echo "  Basis:"
  29 echo "      $x1      $y1      $z1"
  30 echo "  x = $x2  y = $y2  z = $z2"
  31 echo "      $x3      $y3      $z3"
  32
  33 cnt=0
  34 tcnt=0
  35
  36 cx=1.0
  37 cy=1.0
  38 cz=0.8
  39
  40 echo "# P $total init <$cx,$cy,$cz>" > video/atomic_conf_init.xyz
  41
  42 tail -${total} POSCAR | \
  43         while read x y z fx fy fz; do
  44                 type="Si"
  45                 color="Yellow"
  46                 if [ $cnt -ge $sicnt ]; then
  47                         type="C"
  48                         color="Gray"
  49                 fi
  50                 ((X=0))
  51                 ((Y=0))
  52                 ((Z=0))
  53                 X=`echo $X $x $y $z $x1 $y1 $z1 | \
  54                         awk '{ print $1+($2*$5)+($3*$6)+($4*$7) }'`
  55                 Y=`echo $Y $x $y $z $x2 $y2 $z2 | \
  56                         awk '{ print $1+($2*$5)+($3*$6)+($4*$7) }'`
  57                 Z=`echo $Z $x $y $z $x3 $y3 $z3 | \
  58                         awk '{ print $1+($2*$5)+($3*$6)+($4*$7) }'`
  59                 X=`echo $lc $X | awk '{ print $1*$2 }'`
  60                 Y=`echo $lc $Y | awk '{ print $1*$2 }'`
  61                 Z=`echo $lc $Z | awk '{ print $1*$2 }'`
  62                 echo "$type $X $Y $Z $color 0.0" >> video/atomic_conf_init.xyz
  63                 ((cnt+=1))
  64         done
  65
  66 echo "done"
  67