vasp_tools/poscar2moldyn

   1 #!/bin/bash
   2
   3 mkdir -p video
   4
   5 file=$1
   6 [ -z $1 ] && file=POSCAR
   7
   8 echo "parsing $file file ..."
   9
  10 sicnt=`sed -n 6p $file | awk '{ print $1 }'`
  11 ccnt=`sed -n 6p $file | awk '{ print $2 }'`
  12
  13 lc=`sed -n 2p $file | awk '{ print $1 }'`
  14
  15 x1=`sed -n 3p $file | awk '{ print $1 }'`
  16 x2=`sed -n 3p $file | awk '{ print $2 }'`
  17 x3=`sed -n 3p $file | awk '{ print $3 }'`
  18
  19 y1=`sed -n 4p $file | awk '{ print $1 }'`
  20 y2=`sed -n 4p $file | awk '{ print $2 }'`
  21 y3=`sed -n 4p $file | awk '{ print $3 }'`
  22
  23 z1=`sed -n 5p $file | awk '{ print $1 }'`
  24 z2=`sed -n 5p $file | awk '{ print $2 }'`
  25 z3=`sed -n 5p $file | awk '{ print $3 }'`
  26
  27 ((total=sicnt+ccnt))
  28
  29 echo "  Si: $sicnt, C: $ccnt, total: $total"
  30 echo "  Lattice constant: $lc A"
  31 echo "  Basis:"
  32 echo "      $x1      $y1      $z1"
  33 echo "  x = $x2  y = $y2  z = $z2"
  34 echo "      $x3      $y3      $z3"
  35
  36 cnt=0
  37 tcnt=0
  38
  39 cx=1.0
  40 cy=1.0
  41 cz=0.8
  42
  43 echo "# P $total init <$cx,$cy,$cz>" > video/atomic_conf_init.xyz
  44
  45 tail -${total} $file | \
  46         while read x y z fx fy fz; do
  47                 type="Si"
  48                 color="Yellow"
  49                 if [ $cnt -ge $sicnt ]; then
  50                         type="C"
  51                         color="Gray"
  52                 fi
  53                 ((X=0))
  54                 ((Y=0))
  55                 ((Z=0))
  56                 X=`echo $X $x $y $z $x1 $y1 $z1 | \
  57                         awk '{ print $1+($2*$5)+($3*$6)+($4*$7) }'`
  58                 Y=`echo $Y $x $y $z $x2 $y2 $z2 | \
  59                         awk '{ print $1+($2*$5)+($3*$6)+($4*$7) }'`
  60                 Z=`echo $Z $x $y $z $x3 $y3 $z3 | \
  61                         awk '{ print $1+($2*$5)+($3*$6)+($4*$7) }'`
  62                 X=`echo $lc $X | awk '{ print $1*$2 }'`
  63                 Y=`echo $lc $Y | awk '{ print $1*$2 }'`
  64                 Z=`echo $lc $Z | awk '{ print $1*$2 }'`
  65                 echo "$type $X $Y $Z $color 0.0" >> video/atomic_conf_init.xyz
  66                 ((cnt+=1))
  67         done
  68
  69 echo "done"
  70