vasp_tools/poscar2moldyn

   1 #!/bin/bash
   2
   3 mkdir -p video
   4
   5 if [ -z $1 ]; then
   6         file=POSCAR
   7         app=""
   8 else
   9         file=$1
  10         app=".`echo $file | awk -F. '{ print $2 }'`"
  11 fi
  12
  13 echo "parsing $file file ..."
  14
  15 sicnt=`sed -n 6p $file | awk '{ print $1 }'`
  16 ccnt=`sed -n 6p $file | awk '{ print $2 }'`
  17
  18 lc=`sed -n 2p $file | awk '{ print $1 }'`
  19
  20 x1=`sed -n 3p $file | awk '{ print $1 }'`
  21 x2=`sed -n 3p $file | awk '{ print $2 }'`
  22 x3=`sed -n 3p $file | awk '{ print $3 }'`
  23
  24 y1=`sed -n 4p $file | awk '{ print $1 }'`
  25 y2=`sed -n 4p $file | awk '{ print $2 }'`
  26 y3=`sed -n 4p $file | awk '{ print $3 }'`
  27
  28 z1=`sed -n 5p $file | awk '{ print $1 }'`
  29 z2=`sed -n 5p $file | awk '{ print $2 }'`
  30 z3=`sed -n 5p $file | awk '{ print $3 }'`
  31
  32 ((total=sicnt+ccnt))
  33 ((eoa=total+8))
  34
  35 echo "  Si: $sicnt, C: $ccnt, total: $total"
  36 echo "  Lattice constant: $lc A"
  37 echo "  Basis:"
  38 echo "      $x1      $y1      $z1"
  39 echo "  x = $x2  y = $y2  z = $z2"
  40 echo "      $x3      $y3      $z3"
  41
  42 cnt=0
  43 tcnt=0
  44
  45 cx=1.0
  46 cy=1.0
  47 cz=0.8
  48
  49 echo "# P $total init <$cx,$cy,$cz>" > video/atomic_conf_init${app}.xyz
  50
  51 sed -n 9,${eoa}p $file | \
  52         while read x y z fx fy fz; do
  53                 type="Si"
  54                 color="Yellow"
  55                 if [ $cnt -ge $sicnt ]; then
  56                         type="C"
  57                         color="Gray"
  58                 fi
  59                 X=`echo $x $y $z $x1 $y1 $z1 | \
  60                         awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
  61                 Y=`echo $x $y $z $x2 $y2 $z2 | \
  62                         awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
  63                 Z=`echo $x $y $z $x3 $y3 $z3 | \
  64                         awk '{ print $1*$4+$2*$5+$3*$6 }'`
  65                 X=`echo $lc $X | awk '{ print $1*$2 }'`
  66                 Y=`echo $lc $Y | awk '{ print $1*$2 }'`
  67                 Z=`echo $lc $Z | awk '{ print $1*$2 }'`
  68                 echo "$type $X $Y $Z $color 0.0" >> video/atomic_conf_init${app}.xyz
  69                 ((cnt+=1))
  70         done
  71
  72 echo "done"
  73