vasp_tools/stdvis

   1 #!/bin/bash
   2
   3 if [ -z "$1" ]; then
   4         echo "specify a directory ..."
   5         exit
   6 fi
   7
   8 if [ -z "$2" ]; then
   9         type="default"
  10 else
  11         type=$2
  12 fi
  13
  14 if [ -z "$3" ]; then
  15         trg="video"
  16 else
  17         type="video.*"
  18 fi
  19
  20 if [ "$type" != "disp" ]; then
  21
  22 for i in $1/$trg; do
  23
  24         if [ -f $i/stdvis ]; then
  25                 echo "$i already visualized ..."
  26                 continue
  27         else
  28                 touch $i/stdvis
  29         fi
  30
  31 # first unit cell in each direction without rotation
  32 if [ "$type" = "default" -o "$type" = "1" ]; then
  33 echo "type: 1 no rotation"
  34 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  35         -nll -0.20 -0.20 -0.50 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  36         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  37         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  38         -r 0.6 -A 1 217 1.9
  39 fi
  40
  41 # first unit cell in each direction without rotation displaying mirrored atoms
  42 if [ "$type" = "1m" ]; then
  43 echo "type: 1 no rotation, mirrored"
  44 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  45         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  46         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  47         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  48         -r 0.6 -m 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
  49         -A 1 217 2.6
  50 fi
  51
  52 # first unit cell in each direction without rotation displaying mirrored atoms
  53 if [ "$type" = "1m2" ]; then
  54 echo "type: 1 no rotation, mirrored, displaying bonds of the 2 C atoms"
  55 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  56         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  57         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  58         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  59         -r 0.6 -m 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
  60         -A 2 217 218 2.6
  61 fi
  62
  63 # three unit cells in each direction without rotation
  64 if [ "$type" = "3" ]; then
  65 echo "type: 3 no rotation"
  66 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  67         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 3.20 3.20 3.20 \
  68         -b 0.0 0.0 0.0 3.0 3.0 3.0 \
  69         -c 2.3 -3.7 2.4 -L 1.5 -1.0 1.5 \
  70         -r 0.6
  71 fi
  72
  73 # unti cell 3,0,2
  74 if [ "$type" = "3x2z" ]; then
  75 echo "type: 3x2z no rotation"
  76 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  77         -nll 1.8 -0.2 0.8 -fur 3.20 1.20 2.20 \
  78         -b 2.0 0.0 1.0 3.0 1.0 2.0 \
  79         -c 2.3 -3.7 2.4 -L 1.5 -1.0 1.5 \
  80         -r 0.6
  81 fi
  82
  83 # first unit cell rotated by 45 degrees about z-axis
  84 if [ "$type" = "1r" ]; then
  85 echo "type: 1 rotated"
  86 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  87         -nll -0.20 -0.70 -0.20 -fur 2.00 0.70 1.20 \
  88         -c -0.5 -1.5 0.9 -L 1.0 0.0 0.5 \
  89         -r 0.6
  90         #-b 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 \
  91 fi
  92
  93 # first unit cell rotated by 45 degrees displaying mirrored atoms
  94 if [ "$type" = "1rm" ]; then
  95 echo "type: 1 rotated, mirrored"
  96 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  97         -nll -0.20 -0.20 -0.50 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  98         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  99         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
 100         -r 0.6 -m 2.0 -2.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
 101         -A 1 193 1.9
 102 fi
 103
 104 # three unit cells (rotated) in each direction displaying mirrored atoms
 105 if [ "$type" = "3rm" ]; then
 106 echo "type: 3 roted, mirrored"
 107 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
 108         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 3.20 3.20 3.20 \
 109         -b 0.0 0.0 0.0 3.0 3.0 3.0 \
 110         -c 1.3 -3.7 2.4 -L 1.5 -1.0 1.5 \
 111         -r 0.6 -m 2.0 -2.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.0 0.0 3.0
 112 fi
 113
 114 ./ppm2avi $i
 115
 116 done
 117
 118 else
 119
 120 # 100 db in type 1 sc (insdide sc)
 121 for i in $1/video/atomic_conf_*.xyz; do
 122         displace=`echo $i | awk -F_ '{ print $7 }' | sed 's/\.xyz//'`
 123         echo "$i $displace ..."
 124 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
 125         -nll -0.20 -0.20 -0.50 -fur 1.20 1.20 1.20 \
 126         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
 127         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
 128         -r 0.6 -B 0.1 -D $displace -m 2.0 -2.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.0 0.0 3.0
 129 done
 130
 131 fi
 132
 133 #mplayer $1/video/md.avi
 134