vasp_tools/stdvis

   1 #!/bin/bash
   2
   3 if [ -z "$1" ]; then
   4         echo "specify a directory ..."
   5         exit
   6 fi
   7
   8 if [ -z "$2" ]; then
   9         type="default"
  10 else
  11         type=$2
  12 fi
  13
  14 if [ -z "$3" ]; then
  15         trg="video"
  16 else
  17         trg="video.*"
  18 fi
  19
  20 if [ "$type" != "disp" ]; then
  21
  22 for i in $1/$trg; do
  23
  24         if [ -f $i/stdvis ]; then
  25                 echo "$i already visualized ..."
  26                 continue
  27         else
  28                 touch $i/stdvis
  29         fi
  30
  31 # first unit cell in each direction without rotation
  32 if [ "$type" = "default" -o "$type" = "1" ]; then
  33 echo "type: 1 no rotation"
  34 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  35         -nll -0.20 -0.20 -0.50 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  36         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  37         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  38         -r 0.6 -A 1 217 1.9
  39 fi
  40
  41 # first unit cell in each direction without rotation displaying mirrored atoms
  42 if [ "$type" = "1m" ]; then
  43 echo "type: 1 no rotation, mirrored"
  44 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  45         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  46         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  47         -c 0.3 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  48         -r 0.6 -m 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
  49         -A 1 216 2.6
  50         #-A 1 217 2.6
  51         #-c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  52 fi
  53
  54 # defect combination view 1
  55 if [ "$type" = "dc1" ]; then
  56 echo "type: defect combination 1, mirrored"
  57 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  58         -nll -0.20 -0.20 -0.80 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  59         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  60         -c 0.3 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  61         -r 0.6 -m 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
  62         -A 2 217 218 2.6
  63 fi
  64
  65 # first unit cell in each direction without rotation displaying mirrored atoms
  66 if [ "$type" = "x1y1z13" ]; then
  67 echo "type: x1y1z13, mirrored"
  68 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  69         -nll -0.20 -0.20 -1.20 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  70         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  71         -c 0.3 -1.7 0.4 -L 0.5 -1.0 0 \
  72         -r 0.6 -m 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
  73         -A 1 217 2.6
  74         #-A 2 109 217 2.6
  75 fi
  76
  77 # first unit cell in each direction without rotation displaying mirrored atoms
  78 if [ "$type" = "1m2" ]; then
  79 echo "type: 1 no rotation, mirrored, displaying bonds of the 2 C atoms"
  80 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  81         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  82         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  83         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  84         -r 0.6 -m 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
  85         -A 2 217 218 2.6
  86 fi
  87
  88 if [ "$type" = "1m2dv" ]; then
  89 echo "type: 1 no rotation, mirrored, displaying bonds of db and vac"
  90 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  91         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  92         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  93         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  94         -r 0.6 -m 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
  95         -A 2 215 216 2.6
  96 fi
  97
  98 # three unit cells in each direction without rotation
  99 if [ "$type" = "3" ]; then
 100 echo "type: 3 no rotation"
 101 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
 102         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 3.20 3.20 3.20 \
 103         -b 0.0 0.0 0.0 3.0 3.0 3.0 \
 104         -c 2.3 -3.7 2.4 -L 1.5 -1.0 1.5 \
 105         -r 0.6 -A 1 217 2.6
 106 fi
 107
 108 # unti cell 3,0,2
 109 if [ "$type" = "3x2z" ]; then
 110 echo "type: 3x2z no rotation"
 111 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
 112         -nll 1.8 -0.2 0.8 -fur 3.20 1.20 2.20 \
 113         -b 2.0 0.0 1.0 3.0 1.0 2.0 \
 114         -c 2.3 -3.7 2.4 -L 1.5 -1.0 1.5 \
 115         -r 0.6
 116 fi
 117
 118 # first unit cell rotated by 45 degrees about z-axis
 119 if [ "$type" = "1r" ]; then
 120 echo "type: 1 rotated"
 121 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
 122         -nll -0.20 -0.70 -0.20 -fur 2.00 0.70 1.20 \
 123         -c -0.5 -1.5 0.9 -L 1.0 0.0 0.5 \
 124         -r 0.6
 125         #-b 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 \
 126 fi
 127
 128 # first unit cell rotated by 45 degrees displaying mirrored atoms
 129 if [ "$type" = "1rm" ]; then
 130 echo "type: 1 rotated, mirrored"
 131 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
 132         -nll -0.20 -0.20 -0.50 -fur 1.20 1.20 1.20 \
 133         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
 134         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
 135         -r 0.6 -m 2.0 -2.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
 136         -A 1 193 1.9
 137 fi
 138
 139 # three unit cells (rotated) in each direction displaying mirrored atoms
 140 if [ "$type" = "3rm" ]; then
 141 echo "type: 3 roted, mirrored"
 142 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
 143         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 3.20 3.20 3.20 \
 144         -b 0.0 0.0 0.0 3.0 3.0 3.0 \
 145         -c 1.3 -3.7 2.4 -L 1.5 -1.0 1.5 \
 146         -r 0.6 -m 2.0 -2.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.0 0.0 3.0
 147 fi
 148
 149 # x: 2,3 y 3 z 1,2
 150 if [ "$type" = "x123y3z123" ]; then
 151 echo "type: x: 1,2,3 y 3 z 1,2,3"
 152 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
 153         -nll -0.20 1.80 -0.20 -fur 3.20 3.20 3.20 \
 154         -b 1.0 2.0 1.0 2.0 3.0 2.0 \
 155         -c 1.8 -1.7 2.2 -L 1.6 2.5 1.7 \
 156         -r 0.6 -A 1 217 2.6 \
 157         -m 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0
 158 fi
 159
 160 ./ppm2avi $i
 161
 162 done
 163
 164 else
 165
 166 # 100 db in type 1 sc (insdide sc)
 167 for i in $1/video/atomic_conf_*.xyz; do
 168         displace=`echo $i | awk -F_ '{ print $7 }' | sed 's/\.xyz//'`
 169         echo "$i $displace ..."
 170 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
 171         -nll -0.20 -0.20 -0.50 -fur 1.20 1.20 1.20 \
 172         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
 173         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
 174         -r 0.6 -B 0.1 -D $displace -m 2.0 -2.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.0 0.0 3.0
 175 done
 176
 177 fi
 178
 179 #mplayer $1/video/md.avi
 180