vasp_tools/stdvis

   1 #!/bin/bash
   2
   3 if [ -z "$1" ]; then
   4         echo "specify a directory ..."
   5         exit
   6 fi
   7
   8 if [ -z "$2" ]; then
   9         type="default"
  10 else
  11         type=$2
  12 fi
  13
  14 if [ "$type" != "disp" ]; then
  15
  16 for i in $1/video*; do
  17
  18         if [ -f $i/stdvis ]; then
  19                 echo "$i already visualized ..."
  20                 continue
  21         else
  22                 touch $i/stdvis
  23         fi
  24
  25 # first unit cell in each direction without rotation
  26 if [ "$type" = "default" -o "$type" = "1" ]; then
  27 echo "type: 1 no rotation"
  28 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  29         -nll -0.20 -0.20 -0.50 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  30         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  31         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  32         -r 0.6 -A 1 217 1.9
  33 fi
  34
  35 # first unit cell in each direction without rotation displaying mirrored atoms
  36 if [ "$type" = "1m" ]; then
  37 echo "type: 1 no rotation, mirrored"
  38 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  39         -nll -0.20 -0.20 -0.50 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  40         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  41         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  42         -r 0.6 -m 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
  43         -A 2 217 218 1.9
  44 fi
  45
  46 # three unit cells in each direction without rotation
  47 if [ "$type" = "3" ]; then
  48 echo "type: 3 no rotation"
  49 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  50         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 3.20 3.20 3.20 \
  51         -b 0.0 0.0 0.0 3.0 3.0 3.0 \
  52         -c 2.3 -3.7 2.4 -L 1.5 -1.0 1.5 \
  53         -r 0.6
  54 fi
  55
  56 # unti cell 3,0,2
  57 if [ "$type" = "3x2z" ]; then
  58 echo "type: 3x2z no rotation"
  59 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  60         -nll 1.8 -0.2 0.8 -fur 3.20 1.20 2.20 \
  61         -b 2.0 0.0 1.0 3.0 1.0 2.0 \
  62         -c 2.3 -3.7 2.4 -L 1.5 -1.0 1.5 \
  63         -r 0.6
  64 fi
  65
  66 # first unit cell rotated by 45 degrees about z-axis
  67 if [ "$type" = "1r" ]; then
  68 echo "type: 1 rotated"
  69 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  70         -nll -0.20 -0.70 -0.20 -fur 2.00 0.70 1.20 \
  71         -c -0.5 -1.5 0.9 -L 1.0 0.0 0.5 \
  72         -r 0.6
  73         #-b 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 \
  74 fi
  75
  76 # first unit cell rotated by 45 degrees displaying mirrored atoms
  77 if [ "$type" = "1rm" ]; then
  78 echo "type: 1 rotated, mirrored"
  79 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  80         -nll -0.20 -0.20 -0.50 -fur 1.20 1.20 1.20 \
  81         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
  82         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
  83         -r 0.6 -m 2.0 -2.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.0 0.0 3.0 \
  84         -A 1 193 1.9
  85 fi
  86
  87 # three unit cells (rotated) in each direction displaying mirrored atoms
  88 if [ "$type" = "3rm" ]; then
  89 echo "type: 3 roted, mirrored"
  90 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
  91         -nll -0.20 -0.20 -0.20 -fur 3.20 3.20 3.20 \
  92         -b 0.0 0.0 0.0 3.0 3.0 3.0 \
  93         -c 1.3 -3.7 2.4 -L 1.5 -1.0 1.5 \
  94         -r 0.6 -m 2.0 -2.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.0 0.0 3.0
  95 fi
  96
  97 ./ppm2avi $i
  98
  99 done
 100
 101 else
 102
 103 # 100 db in type 1 sc (insdide sc)
 104 for i in $1/video/atomic_conf_*.xyz; do
 105         displace=`echo $i | awk -F_ '{ print $7 }' | sed 's/\.xyz//'`
 106         echo "$i $displace ..."
 107 ./visualize -w 640 -h 480 -d $i \
 108         -nll -0.20 -0.20 -0.50 -fur 1.20 1.20 1.20 \
 109         -b 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 \
 110         -c 0.8 -1.7 0.9 -L 0.5 -1.0 0.5 \
 111         -r 0.6 -B 0.1 -D $displace -m 2.0 -2.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.0 0.0 3.0
 112 done
 113
 114 fi
 115
 116 #mplayer $1/video/md.avi
 117