vasp_tools/trafoXposcar

   1 #!/bin/bash
   2
   3 echo "parsing POSCAR file ..."
   4
   5 trg=POSCAR.transformed
   6
   7 theta=$1
   8
   9 sicnt=`sed -n 6p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  10 ccnt=`sed -n 6p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  11
  12 lc=`sed -n 2p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  13
  14 x1=`sed -n 3p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  15 x2=`sed -n 3p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  16 x3=`sed -n 3p POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  17
  18 y1=`sed -n 4p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  19 y2=`sed -n 4p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  20 y3=`sed -n 4p POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  21
  22 z1=`sed -n 5p POSCAR | awk '{ print $1 }'`
  23 z2=`sed -n 5p POSCAR | awk '{ print $2 }'`
  24 z3=`sed -n 5p POSCAR | awk '{ print $3 }'`
  25
  26 ((total=sicnt+ccnt))
  27
  28 echo "  Si: $sicnt, C: $ccnt, total: $total"
  29 echo "  Lattice constant: $lc A"
  30 echo "  Basis:"
  31 echo "      $x1      $y1      $z1"
  32 echo "  x = $x2  y = $y2  z = $z2"
  33 echo "      $x3      $y3      $z3"
  34 echo
  35 echo "  -----"
  36 echo "  Trafo: x axis, $theta degree"
  37 echo "  -----"
  38
  39 costheta=`echo $theta | awk '{ print cos($1*3.1415927/180.0) }'`
  40 sintheta=`echo $theta | awk '{ print sin($1*3.1415927/180.0) }'`
  41
  42 X1=$x1
  43 X2=`echo $x2 $x3 $costheta $sintheta | awk '{ print $3*$1-$4*$2 }'`
  44 X3=`echo $x2 $x3 $costheta $sintheta | awk '{ print $4*$1+$3*$2 }'`
  45
  46 Y1=$y1
  47 Y2=`echo $y2 $y3 $costheta $sintheta | awk '{ print $3*$1-$4*$2 }'`
  48 Y3=`echo $y2 $y3 $costheta $sintheta | awk '{ print $4*$1+$3*$2 }'`
  49
  50 Z1=$z1
  51 Z2=`echo $z2 $z3 $costheta $sintheta | awk '{ print $3*$1-$4*$2 }'`
  52 Z3=`echo $z2 $z3 $costheta $sintheta | awk '{ print $4*$1+$3*$2 }'`
  53
  54 echo
  55 echo "  Transformed basis:"
  56 echo "      $X1      $Y1      $Z1"
  57 echo "  x = $X2  y = $Y2  z = $Z2"
  58 echo "      $X3      $Y3      $Z3"
  59 echo
  60
  61 cnt=0
  62 tcnt=0
  63
  64 cx=1.0
  65 cy=1.0
  66 cz=0.8
  67
  68 # header
  69 sed -n 1p POSCAR > $trg
  70 echo " $lc" >> $trg
  71 echo " $X1 $X2 $X3" >> $trg
  72 echo " $Y1 $Y2 $Y3" >> $trg
  73 echo " $Z1 $Z2 $Z3" >> $trg
  74 echo " $sicnt $ccnt" >> $trg
  75 echo "selective dynamics" >> $trg
  76 echo "direct" >> $trg
  77
  78 tail -${total} POSCAR | \
  79         while read x y z fx fy fz; do
  80                 Y=`echo $y $z $costheta $sintheta | \
  81                         awk '{ print $3*$1+$4*$2 }'`
  82                 Z=`echo $y $z $costheta $sintheta | \
  83                         awk '{ print $3*$2-$4*$1 }'`
  84                 echo " $x $Y $Z $fx $fy $fz" >> $trg
  85         done
  86
  87 echo "done"
  88