fixed compiler warnings

new todo

new targets

added another diff calc code

create xyz to parcas input

more logging

new logfile

fixed disable p-ctrl feature

also calc quality3

lbe sic params of parcas adapted

adoption of parcas albe sic parameters, dcut of si-i unmodified

fixed fill command

added Posselt formation energy calc

added parcas to moldyn conversion tool (md.movie -> xyz format)

added del_atoms, playing with Ef calc, some more TODO

regular checkin of logfile

implemented sphere insertion

increased line size (parse config) + zero defect subtype

cleaned partial lattice create + added defect feature, adabted md code +
some minor changes: ask diff! :) - xmas checkin ...

aded visual atoms script ...

security checkin: fixes to lattice stage, px py pz calc (now default!
TAKE CARE) and stuff i forgot ...

added partition support in create_lattice function

PTHREADS printf, made neighbour index thread safe, check of mutex
(un)lock return values

added MATTONI force field (left parameters by now)

virial calc define + default amount threads -> 2

added time font in visualization code

forgot to free the atom mutex

pthredas working now (by partitioning atoms into count/#THREADS blocks)

pthreads implemented (fucking slow!)

new imp of pthread approach

pthreads -> albe fast (beginning)

pthread imp started for orig albe (more easier in the beginning)

io thread needed for visual atom call! changed.

added pthreads (for io only by now) + refresh screen for i count +
longer save file names

added count column to bond_analyze code

visual atoms using moldyn func now, updated TODO, atom_match build by
Makefile

first simple atom match code

todo init

introduced process_neighbours function

optional elment and brand type in fill cmd now

multiple save files to get pc

introduced lowmem lists

fixed static lists + first work on lowmem lists

supply c2, d2, c2/d2

pse handling again

new pse handling

first attempts: parallel, albe_fast. fpu_ctrl. cleaned first j loop.
more ...

new pse handling

added optimization flags + none-module compilation (speedup!)

added interval for anneal stage

added set_temp and set_timestep stages

modified bond analyze + added a script

timestep -> tau

introduced time constant in scaling methods

removed the +

added debug aattr print + initialize nnd for 'none' lattice manually

introduced critical max (didn't help though!)

corrected a tab

insert mixed atoms feature added (will be renamed an cleand up later)
still problematic!

modified runmd scripts + added pressure debug line (commented) to moldyn

fixed virial (for albe pot)

fixed tersoff virial calc

added 2b bond check for tersoff

correction of fatal errors!

implemented continue featue + skipped d calc in bond_analyze function

new things to remember!

displace stage type added

more precise print for t and p scaling

added display atom data tool

remeber file .. wichtig

1-6

centre atoms for visualization

search bonds using infrastructure now, new visual atoms tool

tool to search for bonds

added position insertion method + fixed positioning

added pse file

deleted printfs

stupid unit mistake prelax dp

more verbose insertion + d2 fix

avgrst fix + introduced px,py,pz into moldyn (for future use)

unstable but might run ...

safety checkin before mensa

fixed compile errors, no testing yet!

safety checkin

mdrun iinit. untested + not working by now!

adapted all potential to new scheme + necessary mods to main code

fixed bond analyze, introduced more comfortable set potential function,
adapted other functions

introduce a 2body bond function with callback, modified pair corr calc
approp + introduced minimal bond analyze code

implemented basic p ctrl stuff + video with 13 fps

optimized force eval in k loop!

changed visualize script from angstrom to unit cell lengthes

finished diffusion code

added diffusion code

changed state machine behaviour

added normalization to pair correlation calc

added 001 dumbbell config + user dfefined insertion location

mencoder mf options

start of diffusion calc function

new default camera position in run script

added run script for the rx200 cluster