potentials, and thermo obs not yet finished
[lectures/latex.git] / posic / talks / md_simulation_von_silizium.tex
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41
42 \newcommand{\ham}{\mathcal{H}}
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44
45 % topic
46
47 \begin{slide}
48 %\centerslidesfalse
49 \begin{center}
50  \begin{minipage}{2.0cm}
51   \begin{center}
52   \includegraphics[height=1.6cm]{uni-logo.eps}
53   \end{center}
54  \end{minipage}
55  \begin{minipage}{8.0cm}
56   \begin{center}
57   {\large\bf
58   Molekulardynamische Simulation\\
59   von Silizium
60   }
61   \end{center}
62  \end{minipage}
63  \begin{minipage}{2.3cm}
64   \begin{center}
65   \includegraphics[height=1.5cm]{Lehrstuhl-Logo.eps}
66   \end{center}
67  \end{minipage}
68 \end{center}
69 \begin{picture}(350,40)
70 \end{picture}
71 \begin{center}
72 Frank Zirkelbach
73 \end{center}
74 \begin{picture}(350,40)
75 \end{picture}
76 \begin{center}
77  {\small 14.06.2007}
78 \end{center}
79 \end{slide}
80
81 % start of content
82 \ptsize{8}
83
84 \begin{slide}
85 {\large\bf
86  "Uberblick
87 }
88 \begin{picture}(350,10)
89 \end{picture}
90 \begin{center}
91  {\color{blue} Molekulardynamische Simulation} von 
92  {\color{green} Silizium}
93 \end{center}
94 \begin{picture}(350,10)
95 \end{picture}
96 \begin{itemize}
97  \item {\color{blue} Grundlagen} der {\color{blue}MD-Simulation}
98  \item MD in der Praxis - die Numerik im Detail
99  \item {\color{green} Potential} f"ur {\color{green} kovalent gebundene Materialien}
100  \item Zusammengefasst: Die {\em moldyn} Bibliothek
101 \end{itemize}
102 \end{slide}
103
104 \begin{slide}
105 {\large\bf
106  Atomistische Simulationen - Unterschied MC / MD
107 }
108 \begin{picture}(350,10)
109 \end{picture}
110 \begin{center}
111  Methoden zur Beschreibung eines Vielteilchen-Systems\\
112 \end{center}
113 \begin{picture}(350,10)
114 \end{picture}
115 MC:
116 \begin{itemize}
117  \item stochastische Simulation
118  \item Abrastern des Phasenraums durch Metropolis Algorithmus
119  \item Systemgr"o"se: Mittelwert aus allen Monte Carlo Schritten
120 \end{itemize}
121 \begin{picture}(350,10)
122 \end{picture}
123 MD:
124 \begin{itemize}
125  \item deterministische Simulation
126  \item N"achster Phasenraumpunkt bestimmt durch Bewegungsgleichung
127  \item Systemgr"o"se: Mittelwert aus allen Zeitschritten
128 \end{itemize}
129 \begin{picture}(350,10)
130 \end{picture}
131 Ergodenhypothese: Gleichheit der zwei Mittelwerte
132 \end{slide}
133
134 \begin{slide}
135 {\large\bf
136  Prinzip der MD-Simulation
137 }
138 \begin{itemize}
139  \item System von $N$ Teilchen (Molek"ulen)
140  \item zeitliche Entwicklung von Orten und Geschwindigkeiten
141        $\{{\bf q}_i,{\bf p}_i\}$
142  \item System Hamilton-Funktion $\mathcal{H}({\bf q},{\bf p})$
143  \item Hamilton'sche Bewegungsgleichungen:\\
144        \[
145        \dot{p}_i = - \frac{\partial \mathcal{H}}{\partial q_i},
146        \qquad
147        \dot{q}_i = \frac{\partial \mathcal{H}}{\partial p_i}
148        \]\\
149        Propagationsvorschrift im $6N$-dimensionalen Phasenraum
150 \end{itemize}
151 $\Rightarrow$ mikroskopische Beschreibung des Systems\\
152 $\Rightarrow$ observable Gr"o"sen durch zeitlichen Mittelwert\\
153 \begin{picture}(350,10)
154 \end{picture}
155 {\large\bf
156  Notwendige Bestandteile der MD-Simulation
157 }
158 \begin{itemize}
159  \item Methode zum Integrieren der Bewegungsgleichungen (Integrator)
160  \item Modell zur Wechselwirkung (analytische Potentialfunktion)
161  \item Zusatz zur \dq Kontrolle\dq{} des gew"unschten Ensembles
162 \end{itemize}
163 \end{slide}
164
165 \begin{slide}
166 {\large\bf
167  Integration der Bewegungsgleichungen
168 }
169 \begin{itemize}
170  \item Keine analytische L"osung f"ur $N>3$ $\Rightarrow$ numerische Integration
171  \item $3N$ DGLs zweiter Ordnung {\color{blue}oder} $6N$ DGLs erster Ordnung\\
172        \[
173        m_i \ddot{{\bf r}}_i = {\bf f}_i \qquad
174        \textrm{{\color{blue}oder}} \qquad
175        m_i \dot{{\bf r}}_i = {\bf p}_i, \quad \dot{{\bf p}}_i = {\bf f}_i
176        \]
177        \begin{center}
178        (${\bf f}_i = - \nabla_{{\bf r}_i} \mathcal{V}$, kartesische Koordinaten)
179        \end{center}
180  \item Prinzip der Finite-Differenzen-Methode\\
181        \[
182        \Gamma(t) \rightarrow \Gamma(t+\delta t)
183        \]
184        \begin{center}
185         (mit Anfangsbedingungen ${\bf r}(0)$, ${\bf p}(0)$)
186        \end{center}
187        Beispiel Euler:\\
188        ${\bf v}(t+\delta t) = {\bf v}(t) + \delta t {\bf a}(t)$\\
189        ${\bf r}(t+\delta t) = {\bf r}(t) + \delta t {\bf v}(t)$\\
190 \end{itemize}
191 {\large\bf
192  Anforderungen an den Integrator
193 }  
194 \begin{itemize}
195  \item fehlerfreie Reproduktion der \dq echten\dq{} Trajektorie
196  \item Erhaltung der Energie, Reversibel in der Zeit
197  \item schnell \& nur eine Kraftberechnug pro Zeitschritt $\delta t$
198 \end{itemize}
199 \end{slide}
200
201 \begin{slide}
202 {\large\bf
203  {\em Predictor-Corrector} Algorithmus
204 }
205 \begin{itemize}
206  \item Vorhersage der Orte, Geschwindigkeiten, Beschleunigungen etc ...
207        \begin{eqnarray}
208        {\bf r}^p(t + \delta t) &=& {\bf r}(t) + \delta t {\bf v}(t) +
209                                 \frac{1}{2} \delta t^2 {\bf a}(t) +
210                                 \frac{1}{6} \delta t^3 {\bf b}(t) + \ldots
211                                 \nonumber \\
212        {\bf v}^p(t + \delta t) &=& {\bf v}(t) + \delta t {\bf a}(t) +
213                                 \frac{1}{2} \delta t^2 {\bf b}(t) + \ldots
214                                 \nonumber \\
215        {\bf a}^p(t + \delta t) &=&{\bf a}(t) + \delta t {\bf b}(t) + \ldots
216                                 \nonumber \\
217        {\bf b}^p(t + \delta t) &=&{\bf b}(t) + \ldots
218                                 \nonumber
219        \end{eqnarray}
220  \item Brechnung der tats"achlichen Kraft/Beschleunigung ${\bf a}^c$
221        f"ur die vorhergesagten Orte ${\bf r}^p$ \\
222        $\Rightarrow$ Korrekturfaktor:
223        $\Delta {\bf a}(t + \delta t) =
224        {\bf a}^c(t + \delta t) - {\bf a}^p(t + \delta t)$
225  \item Korrektur:
226        \begin{eqnarray}
227        {\bf r}^c(t + \delta t) &=& {\bf r}^p(t + \delta t) +
228                                    c_0 \Delta {\bf a}(t + \delta t) \nonumber \\
229        {\bf v}^c(t + \delta t) &=& {\bf v}^p(t + \delta t) +
230                                    c_1 \Delta {\bf a}(t + \delta t) \nonumber \\
231        {\bf a}^c(t + \delta t) &=& {\bf a}^p(t + \delta t) +
232                                    c_2 \Delta {\bf a}(t + \delta t) \nonumber \\
233        {\bf b}^c(t + \delta t) &=& {\bf b}^p(t + \delta t) +
234                                    c_3 \Delta {\bf a}(t + \delta t) \nonumber
235        \end{eqnarray}
236  \item Optional: Iteration des Korrekturschrittes
237 \end{itemize}
238 {\scriptsize
239  C. W. Gear.
240  The numerical integration of ordinary differential equations of various orders.
241  (1966)\\
242  C. W. Gear.
243  Numerical initial value problems in ordinary differential equations.
244  (1971)
245 }
246 \end{slide}
247
248 \begin{slide}
249 {\large\bf
250  Velocity Verlet
251 }\\
252 Aus formaler L"osung der Liouville-Gleichung f"ur Ensemble Zeitentwicklung:
253 \begin{eqnarray}
254  {\bf r}(t+\delta t) &=& {\bf r}(t) + \delta t {\bf v}(t) +
255                          \frac{1}{2} \delta t^2 {\bf a}(t) \nonumber \\
256  {\bf v}(t+\delta t) &=& {\bf v}(t) + \frac{1}{2} \delta t (
257                          {\bf a}(t) + {\bf a}(t+\delta t)) \nonumber
258 \end{eqnarray}
259 Alogrithmus:
260 \begin{itemize}
261  \item Berechnung der neuen Ortskoordinaten ${\bf r}(t+\delta t)$
262  \item Erste Berechnung der Geschwindigkeiten
263        \[
264        {\bf v}(t+\delta t/2) = {\bf v}(t) + \frac{1}{2} \delta t {\bf a}(t)
265        \]
266  \item Berechnung der Kr"afte f"ur die Orte ${\bf r}(t+\delta t)$
267        $\Rightarrow {\bf a}(t+\delta t)$
268  \item Update der Geschwindigkeiten
269        \[
270        {\bf v}(t+\delta t) = {\bf v}(t+\delta t/2) +
271                              \frac{1}{2} \delta t {\bf a}(t+\delta t)
272        \]
273 \end{itemize}
274 Eigenschaften:
275 \begin{itemize}
276  \item entspricht {\em GEAR-3} mit Ortskorrekturfaktor $c_0=0$
277  \item einfach, schnell, wenig Speicheraufwand $(9N)$
278  \item verh"altnism"a"sig pr"azise
279 \end{itemize}
280 \end{slide}
281
282 \begin{slide}
283 {\large\bf
284  Modell zur Wechselwirkung - Das Potential
285 }\\
286 Klassisches Potential:
287 \[
288 {\mathcal V} = \sum_i {\mathcal V}_1({\bf r}_i) +
289                \sum_{i,j} {\mathcal V}_2({\bf r}_i,{\bf r}_j) +
290                \sum_{i,j,k} {\mathcal V}_3({\bf r}_i,{\bf r}_j,{\bf r}_k) +
291                \ldots
292 \]
293 \begin{minipage}{8.3cm}
294 \begin{itemize}
295  \item ${\mathcal V}_1$: Eink"orperpotential (Gravitation, elektrisches Feld)
296  \item ${\mathcal V}_2$: Paarpotential
297                          (nur abh"angig vom Abstand $r_{ij}$)
298  \item ${\mathcal V}_3$: Dreik"orperpotential
299        (oft ${\mathcal V}_3(r_{ij},r_{ik},\theta_{ijk})$)
300  \item oft umgebungsabh"angiger Term in ${\mathcal V}_2$ eingebaut
301  \item Terme h"oherer Ordnung vermutlich klein (Biologie, Chemie)
302  \item nur Paarpotential\\
303        $\Rightarrow$ hcp im Grundzustand\\
304        $\Rightarrow$ ungen"ugend f"ur kovalent gebundene Materialien
305 \end{itemize}
306 \end{minipage}
307 \begin{minipage}{4cm}
308  \includegraphics[width=4.3cm]{tersoff_angle.eps}
309 \end{minipage}
310 Cut-Off Radius $r_c$:
311 \begin{itemize}
312  \item Atome $i$, $j$ mit $r_{ij} > r_c$ wechselwirken nicht
313  \item Korrektur f"ur Potentiale die erst im Unendlichen verschwinden
314 \end{itemize}
315 \begin{picture}(350,5)
316 \end{picture}
317 Kraft: ${\bf F}_i = - \nabla_{{\bf r}_i} \mathcal{V}$
318 \end{slide}
319
320 \begin{slide}
321 {\large\bf
322  Wahl/Kontrolle des Ensembles
323 }\\
324 \begin{picture}(350,10)
325 \end{picture}
326 Erinnerung:
327 \begin{itemize}
328  \item Stichproben aus Zust"anden im Phasenraum, $<A>_{ens} = <A>_t$
329  \item Bewegungsgleichung als Propagationsvorschrift $\Rightarrow$ Gesamtenergie erhalten
330  \item Au"serdem konstant: $N$ und $V$
331 \end{itemize}
332 $\Rightarrow$ Simulation eines NVE-Ensembles
333 \[
334  \rho_{ens}=\delta(H(t)-E)
335 \]
336 \begin{picture}(350,10)
337 \end{picture}
338 F"ur andere Ensembles:
339 \begin{itemize}
340  \item Anpassung der Bewegungsgleichungen f"ur eine Sequenz von Konfigurationen
341        im gew"unschten Ensemble
342 \end{itemize}
343 \begin{center}
344 {\color{red} oder}
345 \end{center}
346 \begin{itemize}
347  \item Tricks zur Kontrolle von $T$ und $p$
348        $\Rightarrow$ $NVE \rightarrow NVT,NpT$\\
349        Anmerkung: $T$ und $p$ fluktuieren,
350        Mittelwerte entsprechen den gew"unschten Werten
351 \end{itemize}
352 \end{slide}
353
354 \begin{slide}
355 {\large\bf
356  kanonisches Ensemble (NVT)
357 }\\
358 \begin{picture}(350,10)
359 \end{picture}
360 Trick: {\em temperature scaling}
361 \begin{itemize}
362  \item forcieren der gew"unschten Temperatur in jedem Schritt
363  \item $E_{kin} = 3/2 Nk_BT$
364  \item eigentlich {\em velocity scaling}
365  \item Berendsen Thermostat:
366        \[
367        \lambda = \sqrt{1+\frac{\delta t}{\tau_T}\Big(\frac{T_{ref}}{T}-1\Big)}
368        \]
369        \begin{center}
370        $\tau_T>100\times\delta t \Rightarrow$ reale thermische Fluktuationen\\
371        {\scriptsize Berendsen et al. J. Chem. Phys. 81 (1984) 3684.}
372        \end{center}
373 \end{itemize}
374 Andersen:
375 \begin{itemize}
376  \item Zuf"alliges "Andern der Geschwindigkeit eines Atoms entsprechend
377        der Temperatur
378  \item Physikalische Interpretation: Kopplung an W"armebad
379  \item {\color{green} n"utzlich zum Berechnen thermodynamischer Gr"o"sen}
380  \item {\color{red} nicht geeignet zur Beschreibung atomistischer Prozesse}\\
381        (unphysikalische St"orung der Bewegung des einzelnen Atoms)
382 \end{itemize}
383 \end{slide}
384
385 \begin{slide}
386 {\large\bf
387  isothermales isobares Ensemble (NpT)
388 }\\
389 \begin{picture}(350,10)
390 \end{picture}
391 Trick: {\em pressure scaling}
392 \begin{itemize}
393  \item analog zum {\em temperature scaling}
394  \item $p = - \frac{\partial \mathcal{V}}{V}$ (Alternative sp"ater)
395  \item eigentlich {\em volume scaling}
396  \item Berendsen Barostat:
397        \[
398        \mu = \Big[1-\frac{\delta t}{\tau_p}\beta (p_0-p)\Big]^{1/3}
399        \]
400 \end{itemize}
401 \begin{picture}(350,10)
402 \end{picture}
403 Andersen:
404 \begin{itemize}
405  \item modifizierte Bewegungsgleichung
406        (neue Variable $Q$, ${\bf \rho}_i = {\bf r}_i/V^{1/3}$)
407        \[
408        \mathcal{L}(\rho^N,\dot{\rho}^N,Q,\dot{Q})
409                   =\frac{1}{2}mQ^{2/3}\sum_i \dot{\rho}_i^2 -
410                    \sum_{i<j} \mathcal{V}(Q^{1/3} \rho_{ij}) +
411                    \frac{1}{2}M\dot{Q}^2 - \alpha Q
412        \]
413  \item mit $Q=V$: erste 2 Terme $\equiv$ normaler Lagrange-Operator
414  \item Physikalische Interpretation:\\
415        Volumen $Q$ $\equiv$ Koordinate eines fiktiven Stempels
416        mit externen Druck $\alpha$
417  \item Zusammenhang: $V=Q$, ${\bf r}_i=Q^{1/3} \rho_i$,
418        ${\bf p}_i=\frac{\partial \mathcal{L}}{\partial(\dot{\rho}_i Q^{1/3})} =
419                  m Q^{1/3} \dot{\rho}_i$
420 \end{itemize}
421 {\scriptsize H. C. Andersen. J. Chem. Phys. 72 (1980) 2384.}
422 \end{slide}
423
424 \begin{slide}
425 {\large\bf
426  Die Simulationszelle \& Randbedingungen
427 }\\
428 Simulationszelle:
429 \begin{itemize}
430  \item Ausdehnung in $x,y,z$-Richtung
431  \item meist orthogonale Simulationszelle
432  \item Nullpunkt sinnvollerweise im Mittelpunkt
433  \item in Simulation nur definiert durch Randbedingungen
434 \end{itemize}
435 Randbedingungen:
436 \begin{itemize}
437  \item freie/feste Randbedingungen $\Rightarrow$ Oberfl"acheneffekte\\
438        (Bulk-Eigenschaften nur weit entfernt vom Rand)
439  \item besser: periodische Randbedingungen
440 \end{itemize}
441 \begin{center}
442  \includegraphics[width=12cm]{pbc.eps}
443 \end{center}
444 \end{slide}
445
446 \begin{slide}
447 {\large\bf
448  Beispiele f"ur gemischte Randbedingungen
449 }\\
450 Simulation von Oberfl"achen:
451 \begin{itemize}
452  \item ${\color{gray} \bullet}$ PBC nur in $x,y$-Richtung
453  \item $\bullet$ fixierte Randatome (Bulk)
454  \item ${\color{blue} \bullet}$ Schicht aus Atomen mit $T$-Skalierung
455 \end{itemize}
456 \includegraphics[width=8cm]{surface.eps}
457 \end{slide}
458
459 \begin{slide}
460 {\large\bf
461  $SiC$-Ausscheidung in Silizium
462 }\\
463 \begin{picture}(350,10)
464 \end{picture}
465 \begin{minipage}{8cm}
466 \includegraphics[width=8cm]{sic_prec.eps}
467 \end{minipage}
468 \begin{minipage}{4cm}
469 \begin{itemize}
470  \item Zuf"alliges Hinzuf"ugen von Kohlenstoff\\
471        (schaffrierter Bereich)\\
472        $\Rightarrow$ Energie- und Impulszufuhr in die MD-Zelle
473  \item $T$-Skalierung,\\ Kopplung ans W"armebad\\
474        (blauer Bereich)\\
475        $\Rightarrow$ Energie/Impuls aus der MD-Zelle
476  \item feste Randatome, Bulk\\
477        (schwarzer Bereich)
478 \end{itemize}
479 \end{minipage}
480 \end{slide}
481
482 \begin{slide}
483 {\large\bf
484  Die Zell-Methode
485 }\\
486 Problemstellung: Finden der Nachbarn f"ur Wechselwirkung
487 \begin{itemize}
488  \item intuitive Methode: (f"ur Atom $i$)
489        \begin{itemize}
490         \item gehe alle Atome $j$ durch
491         \item $r_{ij} < r_c$ $\Rightarrow$ berechne WW
492        \end{itemize}
493        $\Rightarrow$ $\mathcal{O}(N^2)$
494  \item Zell-Methode:\\
495        \begin{minipage}{6cm}
496        \begin{itemize}
497         \item MD-Zelle (L"ange $L$) aufteilen in\\
498               $M \times M \times M$ Subzellen\\
499               mit L"ange $l=L/M>r_c$
500         \item Atome in Subzell-Listen eintragen\\
501               $\Rightarrow$ $\mathcal{O}(N)$
502         \item WW mit Atomen aus $27$ Subzellen\\
503               $\Rightarrow$ $\mathcal{O}(27N \frac{N}{M^3})$\\
504               $N/M^3$ Materialkonstante
505        \end{itemize}
506        $\Rightarrow$ $\mathcal{O}(27N \frac{N}{M^3} + N) = \mathcal{O}(N)$
507        \end{minipage}
508        \begin{minipage}{5cm}
509         \includegraphics[width=5cm]{cell_meth.eps}
510        \end{minipage}
511 \end{itemize}
512 \end{slide}
513
514 \begin{slide}
515 {\large\bf
516  Thermodynamische Gr"o"sen
517 }
518 \begin{itemize}
519  \item Innere Energie:
520        \[
521        E = <K> + <U> = < \sum_i \frac{{\bf p}_i^2}{2m_i} > + <U({\bf q})>
522        \]
523  \item Temperatur/Druck
524        \begin{eqnarray}
525        <p_k \frac{\partial \ham}{\partial p_k}> &=& k_BT \nonumber \\
526        <q_k \frac{\partial \ham}{\partial q_k}> &=& k_BT \nonumber
527        \end{eqnarray}
528        \begin{center}
529        "Aquipartitionstheorem
530        \end{center}
531        Temperatur:
532        \[
533        \sum_i {\bf p}_i \frac{{\bf p}_i}{m_i} = 3Nk_BT \quad
534        \Rightarrow \quad T=\frac{1}{3Nk_B} \sum_i \frac{{\bf p}_i^2}{m_i}
535        \]
536        Druck:
537        \[
538        \sum_i {\bf q}_i \nabla_{{\bf q}_i} \pot = 3Nk_BT \quad
539        \stackrel{\textrm{kart. Koord.}}{\Rightarrow} \quad 
540        - \sum_i {\bf r}_i \nabla_{{\bf r}_i} \pot = -3Nk_BT \quad
541        \]
542  \item W"armekapazit"at
543  \item Struktur Werte
544  \item Diffusion
545 \end{itemize}
546 \end{slide}
547
548 \begin{slide}
549 {\large\bf
550  Tersoff
551 }
552 \end{slide}
553
554 \begin{slide}
555 {\large\bf
556  EAM
557 }
558
559 \end{slide}
560
561 \begin{slide}
562 {\large\bf
563  Albe Reparametrisierung
564 }
565 \end{slide}
566
567 \begin{slide}
568 {\large\bf
569  Zusammenfassung / Ausblick
570 }\\
571 \begin{tabular}{|l|c|lr|}
572 \hline
573 Zusammenfassung & {\em moldyn}-Bibliothek & Ausblick und & Priorit"at \\
574 \hline
575 {\bf Integrator} & & & \\
576 Velocity Verlet & ${\color{green} \surd}$ & & - \\
577 Gear Predictor Corrector & ${\color{red} \times}$ & GEAR-5 & $\bullet\bullet$ \\
578 {\bf Potential} & & & \\
579 Harmonischer Oszillator & ${\color{green} \surd}$ & & - \\
580 Lennard-Jones &$ {\color{green} \surd}$ & & - \\
581 Tersoff/Albe & ${\color{green} \surd\surd}$ & & - \\
582 Tersoff/Albe (inkl. $\lambda^3$) & ${\color{red} \times\times}$ &
583                                  &  $\bullet\bullet\bullet$ \\
584 EAM & ${\color{red} \times}$ & & $\bullet\bullet$ \\
585 {\bf Ensembles} & & & \\
586 {\em temperature scaling} & ${\color{green} \surd}$ & & - \\
587 {\em pressure scaling} & ${\color{green} \surd}$ & & - \\
588 Andersen $T$ & ${\color{red} \times}$ & & - \\
589 Andersen $p$ & ${\color{red} \times}$ & & $\bullet$ \\
590 {\bf Simulationzelle} & & & \\
591 periodische RB & ${\color{green} \surd}$ & & - \\
592 $T,p$-Skalierung pro Atom & ${\color{green} \surd}$ & & - \\
593 {\bf Thermodynamische Gr"o"sen} & einige & viele
594                                 & $\bullet\bullet\bullet\bullet\bullet$ \\
595 \hline
596 \end{tabular}
597 \end{slide}
598
599 \end{document}